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甜菜碱具有甲基供体的作用,影响甲基化修饰,促进脂肪代谢。在生产实践中,猪在饲喂甜菜碱之后,其肌内脂肪含量显著增加,提示DNA甲基化是调控脂肪代谢的重要因素。因此,开展甲基化的研究对畜禽生产、养殖有着重要意义。我们在比较胴体性状和肉质差异的基础上,以杜洛克、陆川两猪种为典型的瘦肉型和脂肪型动物模型进行实验。利用新一代简化的重亚硫酸盐测序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing,RRBS)研究这两猪种脂肪组织基因组中启动子(promoter)及CpG岛(CGIs)区域的DNA甲基化水平及功能。分别取得杜洛克、陆川样本中Clean Reads为98720992、97254298,占各样品Reads的99.4%和99.56%。我们通过甲基化分析,得到两样品中甲基化C位点(mC)中CG类型的甲基化所占比例最大;得到样品内不同区域和样品间相同区域中不同分布类型的mC都有所差异;分别从两样品中各选取了 10、17、18号染色体展示了其启动子、CGI和两个区域的overlap甲基化图谱,图示同一样品不同号染色体和不同样品同一号染色体的甲基化分布差异;通过差异与富集分析,成功鉴定出两猪种脂肪组织基因组中的差异甲基化区域(Differentially methylated regions,DMRs),并且将其注释到基因本体上发现其主要分布在基因的内含子区;绘制DMRs中不同样品的甲基化水平,结果发现瘦肉型猪种(杜洛克)甲基化水平更高;共筛选出792个差异甲基化基因(Differentially methylated gene,DMG),对其进行GO、KEGG富集分析,得到其主要影响intracellular part、binding和 biological regulation 等生物学过程,参与了 endocytosis、MAPK signaling pathway和calcium signaling pathway等与脂肪代谢相关的通路。与转录组测序结果进行联合分析,通过对差异表达基因的甲基化水平分析,得到差异表达基因的启动子区杜洛克的甲基化程度更高;通过分析甲基化修饰与表达调控的关系,得到杜洛克在启动子区甲基化基因表达量更低;分析甲基化水平与功能元件长度关系,得到两样品中不同分布类型DNA甲基化水平随着功能原件长度变化的趋势存在差异。与全基因组重测序结果进行联合分析,通过对两样品中既是突变位点,又是差异甲基化位点的甲基化分析,结果表明在突变位点杜洛克的甲基化程度高于陆川,得到单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)对杜洛克甲基化的影响更高,这也为DMRs中杜洛克DNA甲基化更高的结果提供了数据支持。本研究对DNA甲基化规律、DNA甲基化水平与基因表达调控的关系,影响DNA甲基化水平的因素进行了探究。将DNA的表观遗传与脂肪代谢联系起来,为优质、高效的猪肉生产提供了理论依据,对畜禽养殖业发展有重要意义。