ab initio方法和ABEEMσπ模型应用于含铝金属酶的研究

来源 :辽宁师范大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:chenchen19880908
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本文选取了多个含铝金属酶作为模型分子,利用从头算方法(HF/STO-3G方法),结合自编程序,拟合并确定了含铝金属酶体系的ABEEMσπ参数,并应用Yang等人建立的ABEEMσπ模型计算了PDB代号为1BS1、1L3R和3UKD等三种含铝金属酶大分子的原子、键和孤对电子区域的电荷分布。结果显示,ABEEMσπ模型所得的这些大分子回归到原子以后的电荷分布,与HF/STO-3G方法所计算的电荷分布的线性相关系数均大于0.96,说明ABEEMσπ模型所计算的分子的电荷分布可以很好地与从头算的结果相比拟,而且,采用ABEEMσπ模型更加省时,这表明ABEEMσπ模型可以用于快速准确地计算大分子的电荷分布。同时,所拟合的ABEEMσπ参数为含铝金属酶的ABEEMσπ/MM浮动电荷力场模型的构建打下了基础。然后,在所确定的ABEEMσπ参数下,应用ABEEMσπ模型计算了上述三种含铝金属酶的活性区域的Fukui函数,发现铝离子均为它们的活性中心,这与实验结论是相一致的,因此,ABEEMσπ模型可以应用于准确地确定含铝金属酶的活性中心。最后,计算并分析了1L3R酶与丝氨酸结合前后各区域的电荷分布,结果表明,两者结合之后,铝离子上的电荷减小了0.122e,远大于其他区域的电荷减小值,说明铝离子确实为1L3R酶的活性中心。同时,本文计算了两者结合后的分子各区域的Fukui函数,发现两者结合之后,铝离子的Fukui函数在各区域中不再是最大值,说明丝氨酸可以使1L3R酶的活性变小。此外,对于两者结合前后铝离子的广义Fukui函数的计算,也验证了广义Fukui函数可用于探讨分子间的反应活性,这表明ABEEMσπ模型也适用于预测含铝金属酶的抑制剂。
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