水权理论是实现水资源合理配置的重要基础。在社会主义市场经济条件下,深入研究运用水权、水市场理论,实现水资源优化配置和可持续利用,提高水资源的利用效率,是当今社会水利改革的主要方向,同时也是实现水资源与经济协调发展的必由之路。本文在论述水权的内涵、构成、水资源的配置手段以及水资源配置的经济学基础上,运用经济学基本理论和实地调研资料分析了水资源配置对民勤绿洲沙漠化地区生态农业的影响。在对民勤地区生态农业影响的实证分析中,本文通过分析对农业产业结构之间的水资源配置,得出对生态农业的影响。实证分析表明,粮食作物的单位水经济效益低下在民勤绿洲沙漠化地区会造成许多不良后果,主要表现在：首先是农民收入增长缓慢,还会造成水资源的浪费；其次是农业生产用水价格偏低,甚至低于成本价格；最后是严重挫伤农民的生产积极性,影响农业作为国民经济基础产业的稳定性。最后得出结论,在民勤县这样一个水资源匮乏的地区,应该加快农业产业结构的调整,优化农业种植结构,控制农业灌溉规模,减少农业用水总量,把挤占的生态用水挤出来,种植经济价值高、商品率高、有利于节约水资源的经济作物。在此基础上,本文提出了四项水资源配置与生态农业协调发展的途径：第一水票管理机制；第二,健全政府的水资源管理体制；第三,节水高效的生态农业机制；第四,提高公众节水效益机制。