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鸡肉品质受遗传和环境因素共同影响,但遗传因素起决定作用。广西三黄鸡是广西优良的地方品种,其最大的特点之一是肉品质好。本研究的目的是克隆和分析广西三黄鸡和艾维茵鸡的PPARy和UCP3基因序列；研究PPARy和UCP3在广西三黄鸡和艾维茵鸡不同组织、不同性别、不同日龄的表达谱；探讨了PPARy和UCP基因的表达与体重、腹脂重、腹脂率和肌内脂肪相关性；旨在从分子水平揭示鸡肉品质的遗传机制,加快广西优质鸡的选育。参照GenBank上公布的鸡PPARy (AF163811)和UCP3(AF287144)基因,设计特异性引物,克隆了广西三黄鸡PPARy和UCP3基因。结果显示,广西三黄鸡PPARy基因的编码区序列全长1428bp,提交GenBank获得序列号为KC682870,与参考序列相比,存在4处碱基突变(C291T、G675T、C942T、C1119T),均为同义突变,未造成氨基酸的改变。广西三黄鸡UCP3基因的编码区序列全长921bp,提交GenBank获得序列号为KC682890,与参考序列相比,存在3处碱基突变(T363G、T399C、C666T),均为同义突变,未造成氨基酸的改变。利用实时荧光定量PCR对广西三黄鸡和艾维茵鸡不同日龄、不同性别和不同组织的PPARy和UCP3基因表达进行分析,结果表明PPARy基因在腹脂中高表达,其次是皮下脂,而在心、肝、胸肌、腿肌中表达量少,并存在显著的品种、性别差异(P<0.01)；UCP3基因高表达于胸肌,其次是腿肌,在心、肝、腹脂、皮下脂中表达甚少,也存在显著的品种、性别差异(P<0.01)。同日龄,母鸡PPARγ基因相对表达量高于公鸡(P<0.01),母鸡的UCP3基因相对表达量低于公鸡(P<0.01)；广西三黄鸡PPARγ和UCP3基因表达量普遍高于艾维茵鸡。候选基因相对表达量与脂肪性状的关联性分析表明,PPARγ基因的表达量与腹脂重、UCP3基因的表达量与IMF值呈显著正相关(R2>0.7,P<0.01)。