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蝴蝶是一类比较古老的昆虫,隶属于昆虫纲Insecra鳞翅目Lepidoptera锤角亚目Ropalocera,以其多彩的双翅和轻盈的舞姿为世人青睐,是古今中外许多诗词、传说的重要题材。蝴蝶与人类的生产生活关系密切,可作为观赏、药用和食用昆虫,在人文艺术创作、传粉、环境监测等方面也发挥出重要作用。金斑喙凤蝶Teinopalpus aureus是一种珍稀大型凤蝶,素有“梦幻中的蝴蝶”、“蝶中仙子”之称,隶属于凤蝶科Papilionidae喙凤蝶属Teinopalpus。目前已记录的亚种有5个：指名亚种Teinopalpus aureus aureus Mell、武夷亚种T. aureus wuyiensis Lee、海南亚种T. aureus hainanensis Lee、广西亚种T. aureus guangxiensis ChouetZhou和斯金卡亚种T. aureus skinkaii Mori。分布在东南亚地区,北至浙江敕木山,南至越南Dong Nai,在我国浙江、江西、福建、湖南、广东、广西、海南均有发现。由于其生活习性和生境特殊,极少出现在人类视野中,对其相关研究也比较少,在世界自然保育联盟(IUCN)2004年濒危物种红色名录中被列为DD (Data deficient)物种,1989年被列为我国I级重点保护物种。本文参考已获得的序列结果,通过常规PCR测得金斑喙凤蝶T. aureus线粒体基因组全序列,对原有的序列结果进行修订,并初步分析基因组的组成和结构特点。利用线粒体rDNA和蛋白质编码基因(PCG),以茶小叶卷蛾Adoxophyes honmai和柞蚕A ntheraea pernyi为外群,通过MEGA4、PAUP*4.0b10等软件,分别分析47种蝶类昆虫的基因组成、替换饱和性等序列特征,并以最大简约法构建了分子系统树,探讨蝶类不同科、属间和金斑喙凤蝶T. aureus不同地理种群间的相互关系。结果表明：1.金斑喙凤蝶T. aureus线粒体基因组总长为15234±0.5bp,共编码37个基因：蛋白质编码基因13个(ATP6、8,Cytb, COI-III, ND1-6, ND4L),2个rRNA基因(16SrRNA和12SrRNA),22个tRNA基因,1个非编码控制区(A+T-rich region)。线粒体基因组各基因的排列顺序和已报道的大部分蝶类相一致,没有发现基因重排和缺失现象。有13个间隔区和12个重叠区,其中tRNAG1n和ND2基因间的间隔区最长,在其他鳞翅目昆虫中,也存在该间隔区。线粒体基因组A+T含量为79.8%±0.01,各段基因也均表现出明显的AT偏向性。除COI基因以CGA作为起始密码子外,其他蛋白质编码基因均以ATN作为起始密码子；COII、ND3和ND4基因以残基T结尾,其他蛋白质编码基因以TAN结尾。使用频率最高的5种密码子是TTA、ATT、TTT、ATA和AAT,占所有密码子使用频率的45.5%,与基因组的AT偏向性一致。除tRNASer(AGN)缺少DHU臂外,其他tRNA均可构成典型的三叶草结构。不同地理种群的12SrRNA基因长度均为781bp,16SrRNA基因长度为1334-1335bp。A+T丰富区长为396bp,A+T含量为93.6%±0.06。存在类似微卫星的重复序列：(AT)6、(AT)8G (TA)5、poly-A和poly-T,有一段重复序列’AAATTAATAAATTA"和一段类似拷贝序列" TTAATAAATCAAAA ". A+T丰富区的同源性很高,不同地理种群中仅9个位点发生变异。2.基于rDNA和蛋白质编码基因的蝶类系统发育分析结果表明,凤蝶总科不是单系发生的类群,凤蝶科与绢蝶科聚为一支,粉蝶科与灰蝶总科、蛱蝶总科、弄蝶总科聚为1支。基于不同基因构建的MP树中,蛱蝶总科内相互关系不确定,蛱蝶科不构成单系群。弄蝶科在蝶类分支内部,与蛱蝶总科、灰蝶总科和粉蝶科有较远的共同祖先。粉蝶科构成单系分支,但不与凤蝶科、绢蝶科聚为一支,不同于形态分类结果。金斑喙凤蝶T. aureus在凤蝶科的支序内部,构成单系分支。由于不同基因的进化速率不同,所以基于不同基因构建的系统发育树拓扑结构均存在差异,其中12SrRNA、16SrRNA、CO1、ND1、ND5和总蛋白质编码基因适用与科、属水平上的分类；COI、Cytb、ND3和总蛋白质编码基因构建的系统树能较好反映出种下水平的相关关系；多基因联合构建的系统树支持度高,与形态分类结果接近。3.基于rDNA和蛋白质编码基因的金斑喙凤蝶T. aureus不同地理种群系统发育分析结果表明,广西大瑶山、浙江梅花山、江西九连山和屏山种群分为两支：大瑶山与九连山种群聚为一支,梅花山与屏山种群聚为另一支。在大瑶山种群内,也产生了分歧：一支是具有大瑶山种群的特有衍征,另一支与九连山种群有共享衍征。