差异共表达方法是探索基因对在不同状态(如疾病与正常,处理组和对照组)下的表达相关性是否有显著差异。由于基因间表达水平的相关性暗示某种调控关系的存在,所以共表达相关关系的改变或者说差异共表达本身就提示不同表型间调控关系改变。本文用差异共表达方法对胶质瘤转录组数据进行分析,识别到与胶质瘤预后相关的三个转录因子(AHR, NFIL3和ZNF423),并用之对胶质瘤进行分类,分成三个不同的分子亚型(ZG, NG和IG亚型),这三种亚型的生存模式显著不同,并在独立的数据集得到验证。与已有分类系统相比,本文提供一个更少分子标签且有效的胶质瘤分类体系。接着探索三个基因的功能,发现这三个转录因子在药靶上显著富集,并且观察到与这三个转录因子有关的调控关系在胶质瘤发展过程有重要的作用。本文不仅建立胶质瘤分子分型体系,还用差异表达分析方法进行疾病相关关系的研究并开发疾病相关关系数据库。通过调研疾病数据库,发现目前并没有从数据出发阐述疾病相互关系的数据库。我们对公共数据中人类疾病表达谱数据进行差异共表达分析,发现1326对显著相似的疾病对,使用这些疾病关系开发疾病相关关系数据库。疾病相关关系数据库是第一个根据通过疾病间调控关系的相似性衡量疾病关系的数据库,这对研究疾病的科研工作者和临床医生有重要的意义。