草鱼是我国淡水渔业中四大家鱼养殖品种之一,具有生长快、肉质鲜美和养殖成本低等优点。但是由于草鱼性成熟周期长,亲本个体大等原因,目前我国养殖的亲鱼用的还是江河中捕捞的野生种,没有进行过遗传改良。为保证选育工作能合理、高效进行,本研究对草鱼影响体质量的主要形态指标进行分析,以及筛选与生长相关的SNP标记,以期为下一步草鱼选育测量指标的确定提供理论依据,为开展分子标记辅助育种奠定基础,具体研究内容如下：1.为研究草鱼主要形态性状对体质量的影响,测定287尾二龄草鱼全长、体长、头长、体宽、体高、眼间距、肛前距,共7个形态性状和体质量,采用相关分析、通径分析和多元回归分析方法对草鱼7个形态性状与体质量进行相关性分析,剔除对体质量影响不显著的头长、体高及与体长存在显著共线性的全长,建立以体质量为依变量,体宽,眼间距,肛前距,体长为自变量的回归方程：Y=-3048.127+220.925X4+262.367X6+33.776X7+10648X2。其中体宽对体质量的直接影响最大,是影响体质量的最主要因素。在选育过程中,将4个主要形态性状作为一个整体考虑,为草鱼选育提供理论依据和测量指标。2.采用直接测序法从草鱼EST文库的13个功能基因(二磷酸果糖醛缩酶A,肌酸激酶,胰凝乳蛋白,骨骼肌肌球蛋白重链,丝裂原活化蛋白激酶,核糖体输出蛋白S7,天冬酰胺酰tRNA合成酶,β-actin肌动蛋白,p-2-巨球蛋白,肌球蛋白重链胚胎1型,快速骨骼肌球蛋白,β-globin beta球蛋白,过氧化物增殖体激活物受体r协同激活物)。共获得44个突变位点,其中25个SNP突变点位于外显子,18个位于内含子,1个位于非翻译区。突变类型有转换,颠换,插入突变。44个SNP突变位点中发生转换的有18个,发生颠换的有8个,转换的SNPs位点与颠换SNPs的比值约为2：1,此结果与通常发生转换与颠换为2：1的比例相符。这是由于CpG二核苷酸的胞嘧啶很容易甲基化,脱去氨基形成胸腺嘧啶突变。外显子突变包括错义突变和同义突变两种类型,其中同义突变有17个,错义突变有8个,插入突变有2个,同义突变比错义突变多,这是因为基因氨基酸序列是生物长期进化的结果,保持基因保守性是生物生存的基础。针对糖代谢中醛缩酶和肌肉生长因子肌型肌酸肌酶进行重点分析,分别从二级结构及反应元件角度进行分析。结果显示草鱼醛缩酶A3’-UTR转录终止密码子后58bp处存在17bp的插入片段；肌型肌酸激酶基因外显子7第178bp处检测到1个SNPs位点,此突变是错义突变,使原来编码的丝氨酸转变为苏氨酸。编码蛋白的二级结构分析发现,蛋白的Alpha和Beta转角数量及类型都发生了变化,改变了蛋白空间结构。这些研究结果为后续进行的生长性状关联分析奠定了重要的基础。3.以294尾养殖群体草鱼为实验对象,挑选8个SNPs采用Snapshot技术进行分型,8个SNP分别为醛缩酶A17bp插入,Beta-微球蛋白中的4个SNP突变点,胰凝乳蛋白中2个SNP突变点,肌酸激酶中1个突变点,骨骼肌肌球蛋白重链中1个突变点。除了骨骼肌肌球蛋白重链中T-A突变为假突变,只有一个基因型,其余7个位点在草鱼群体中检测到AA、BB、AB三种基因型,即两个纯合子,一个杂合子。利用统计软件SPSS对7个SNP位点不同基因型与草鱼群体的生长形态性状进行一般线性模型分析,结果发现醛缩酶A3’UTR中17bp插入突变和肌肉生长因子肌型肌酸肌酶中的错义突变与草鱼生长性状显著相关。生长相关分析显示醛缩酶A3’-UTR突变3种基因型与草鱼体宽和吻长2个生长性状达到显著相关(P<0.05),BB基因型个体体重比AA基因型个体体重增加了8.37%,在全长、体长、体高、尾柄长等生长性状也表现出比AA和AB基因型个体好,得出结论BB基因型即不含插入片段为优势基因型。肌酸激酶三种基因型草鱼在体重上达到极显著差异(P<0.01),TT型草鱼体重比AA型草鱼体重增加了8.15%,体宽和肛前距与基因型达到显著差异(P<0.05),在体宽,肛前距以及其他形态性状中,TT基因型仍高于AA和AT基因型,得出结论TT基因型为优势基因型。以上工作为草鱼选育指标的确定和分子标记辅助育种奠定了基础。