【摘 要】
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目的:基因突变及表达异常在急性髓细白血病(AML)的发生发展过程中承担着重要角色。本文旨在利用TCGA数据库分析FIBP基因与AML患者预后的相关性。方法:1.利用TCGA在线数据库下载AML患者的基因表达谱及相应患者的临床信息,进行匹配、筛选获得符合条件的数据,并依据生存时间,分为对照组与试验组。2.借助R软件分析两组样本中表达差异较为明显的基因,从中提取目标基因。3.对目标基因进行表达差异分析
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目的:基因突变及表达异常在急性髓细白血病(AML)的发生发展过程中承担着重要角色。本文旨在利用TCGA数据库分析FIBP基因与AML患者预后的相关性。方法:1.利用TCGA在线数据库下载AML患者的基因表达谱及相应患者的临床信息,进行匹配、筛选获得符合条件的数据,并依据生存时间,分为对照组与试验组。2.借助R软件分析两组样本中表达差异较为明显的基因,从中提取目标基因。3.对目标基因进行表达差异分析及独立预后分析,并利用GSEA进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析,推测目标基因可能参与的生物过程。结果:1.从TCGA数据库获取85组配对信息,选择生存时间≥5年的病例7例和生存时间<5年的病例78例,将其分为对照组和试验组。利用R软件进行基因表达差异分析,获得表达差异较为明显的20个基因,从中获取目标基因FIBP。2.结合FIBP的表达量及患者临床信息,进行生存分析,结果提示FIBP基因的表达量与AML患者预后具有相关性(p值<0.01),FIBP高表达提示预后不良。随后经单因素及多因素独立预后分析后证实,FIBP基因可作为独立预后因子,影响AML患者的预后。3.根据FIBP基因的表达量,将样本分为高表达组及低表达组,对两个组别的差异基因进行基因本体分析(GO分析)。在生物过程组中,差异基因主要富集于谷胱甘肽代谢过程、葡萄糖分解代谢过程、ATP代谢过程、白介素1介导的信号通路、血小板聚集、抗原处理和呈递、蛋白质去磷酸化反应的正向调控、胺代谢过程、线粒体膜电位的调节、细胞修饰的氨基酸代谢过程、细胞脂质代谢过程、三磷酸核苷生物合成及代谢过程、NAD/NADH代谢过程和伴侣介导的自噬等。在分子功能组中,主要富集在泛素结合、NAD结合、ADP结合、作用于NADPH的氧化还原酶活性和MHC 1类蛋白结合。在细胞成分组中,主要富集于富含纤维蛋白1的颗粒腔以及细胞器包膜腔。在KEGG信号通路富集分析中,差异基因在FIBP高表达组中主要富集于亨廷顿病、类固醇合成、过氧化物酶体、苯丙氨酸代谢、磷酸戊糖途径、糖酵解糖异生、柠檬酸循环、阿尔兹海默病、不饱和脂肪酸的生物合成以及果糖和甘露糖代谢。结论:1.在AML患者中,FIBP基因的表达水平与预后显著相关,其高表达提示预后不良,并且可作为独立预后因子,影响AML患者的预后。2.FIBP高表达组和低表达组的差异基因在功能上主要富集于生物合成及代谢通路,推测FIBP基因的作用机制可能是通过对AML细胞代谢的调节,影响患者的预后效果。
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