北极海洋沉积物中放线菌的多样性研究

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本文采用选择性分离培养和免培养两种方法,研究了北极海洋沉积物样品中放线菌的多样性,并对分离到的放线菌进行了产酶分析、抗菌活性和PKS/NRPS基因筛选。采用SDS法和DDC法对海泥样品进行预处理,稀释涂布7种培养基进行海洋放线菌分离,通过16S rDNA测序鉴定,从35个北极海洋沉积物样品中分离得到81株放线菌,分别属于放线菌纲7个科(Pseudonocardiace、Mycobacteriu、Micrococcaceae、Microbacteriaceae、Dermabacteraceae、Brevibacteriaceae、*)中的10个属(Pseudonocardia、Mycobacterium、Kocuria、Microbacterium、Micrococcus、Brachybacterium、Brevibacterium、Actinotalea、Kytococcus、Arthrobacter),其中Pseudonocardia为优势菌属,数目最多;另外,16S rDNA序列比对结果显示,1112D-41与最近菌株序列相似度<97%,且在N-J系统进化树上形成独立分支,可能为Actinotalea属的一个新种。采用透明圈法对81株北极放线菌进行淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶、纤维素酶和几丁质酶的产酶分析,其中,8株菌具有淀粉酶产生能力,15株菌具有蛋白酶产生能力,没有发现脂肪酶、纤维素酶和几丁质酶产生菌。8株淀粉酶产生菌分别属于Micrococcus、Brachybacterium和Brevibacterium,其中1131S-22产生的透明圈最大,淀粉酶酶活最高;15株蛋白酶分别属于Kocuria、Microbacterium、Micrococcus、Brachybacterium、Brevibacterium和Actinotalea,其中Kocuria、Microbacterium和Micrococcus的菌株产生的透明圈较大,蛋白酶酶活较高。利用E. coli、 S. aureus、B. subtilis和C.albicans四种指示菌,分别对北极海洋放线菌在AM3和N4培养基中的发酵液上清和发酵液萃取物进行抑菌活性检测,结果发酵液上清抑菌活性较弱,只有1株Pseudonocardia的AM3发酵液上清具有抑菌效果,而发酵液萃取物抑菌效果明显,约16%的菌株产生了不同程度的抑制作用。通过PCR对北极海洋放线菌的PKS/NRPS基因进行了检测分析,发现约有50.6%的菌株至少检测出了一种功能基因,具有PKS I型基因的菌株约占37.03%,具有PKS II型基因的菌株约占11.11%,具有NRPS型基因的菌株约占29.63%,1110D-64(1)、1110D-63和1110D-64(2)同时检测出了三种功能基因,这三株菌都属于Mycobacterium属。通过文库构建方法对4个不同深度的北极海洋沉积物样品进行未培养放线菌的多样性研究,利用16S rDNA测序鉴定,发现放线菌种属14个,包含未培养菌属11个,已培养菌属3个,分别是Pseudonocardia、 Mycobacterium、Kocuria。选择性分离培养和免培养两种方法的分析结果表明北极海洋沉积物样品中放线菌具有多样性,为新型放线菌资源开发与利用提供了理论依据。但是两种结果也具有明显差异,通过免培养法获得的已培养放线菌种属信息较少,原因可能是文库克隆较少,结果不具有显著性;其次免培养方法获得了大量未培养放线菌的信息,说明沉积物中的大部分放线菌应用本实验分离筛选方法还无法分离到,北极海洋沉积物中放线菌的多样性还需进一步的探究。
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