菊花(Chrysanthemum×morifolium Ramat.)是菊科菊属植物,是中国人最喜爱的花卉之一。但长期的自然杂交、变异和人工选择使菊花的遗传背景十分复杂,给菊花育种工作带来了很大困难。关联分析以自然群体为研究对象,以连锁不平衡为基础,将目标性状表型的多样性与遗传标记或候选基因的多态性结合起来分析,可直接鉴定出与表型变异密切相关且具有特定功能的基因位点或标记位点,为分子标记辅助育种奠定基础。本研究选取59个具有代表性的大菊品种,测量其表型性状,结合SCo T分子标记进行关联分析,找到与数量性状关联的分子标记位点,为菊花的分子育种提供基础数据。主要结果如下:1.变异系数分析表明,菊花各性状的种间变异系数均大于种内变异系数;R聚类分析中,除了株高、花序直径和舌状花长/宽外,其余性状很快聚在一起;主成分分析表明,舌状花长/宽、舌状花长度最大、叶片宽度、叶片长度、叶片长/叶柄长、舌状花宽度、株高、叶柄姿态贡献值最大。说明将叶部性状纳入形态学分类的依据中是很有必要的。2.从36条SCo T引物中筛选出10条扩增条带清晰、稳定的引物,对59个菊花品种进行扩增,得到243条带,其中240条带具有多态性,多态性位点百分率为97.76%,PIC值在0.85到0.96之间。这说明SCo T标记可以很好的反映菊花品种的遗传多样性。3.SCo T标记的UPGMA聚类分析显示,除了9个大菊品种外,其余50个大菊品种可划分为4类,与传统的以瓣型划分的群体并不完全符合。群体结构分析将59个大菊品种划分为3个亚群,同样与传统形态学分类不完全一致,但这3个亚群各有其形态学特点,且彼此之间有较大的种质渗透现象。4.关联分析共发现有23个标记位点与7个性状关联(P<0.01),其中有18个位点与花部性状(舌状花长度、舌状花宽度、舌状花长/宽)相关,9个位点与叶部性状(叶柄长度、叶片长度、叶片长/宽、托叶大小)相关。各位点对表型变异的解释率在0.0094到0.2181之间。