橡胶树(Hevea brasiliensis)是一种产胶植物，所产天然橡胶是重要的战略物资，在国民经济中具有不可替代的作用。橡胶树是高大乔木，通过嫁接繁殖，根据接穗取自母树的树龄及高度的不同分为幼态和老态两种无性系。其幼态与老态无性系在产胶量、生长势等性状都表现出差异，并且幼态无性系产胶量比同源的老态无性系高。这种差异缺乏相应的分子生物学、分子遗传学证据，在一定程度上限制了橡胶树幼态无性系在生产中的应用和大面积推广。　　 本文以橡胶树幼态与老态无性系为试验材料，利用MSAP分子标记的方法，检测了二者之间的差异。其主要结果如下：　　 1.橡胶树的开花调查结果显示：幼态无性系开花率为20.9％，老态无性系开花率为47.8％；SAS软件分析橡胶树幼态和老态无性系茎围，结果差异达到显著水平；　　 2.优化了最少酶用量和选择性扩增体系，建立了适合橡胶树MSAP分析的反应体系；　　 3.从256对引物中筛选出并得到了多态性较强、重复性较好的16对橡胶树MSAP引物；　　 4.幼态无性系的半甲基化水平为12.2％，全甲基化水平为21.0％，总甲基化水平33.2％；老态无性系的半甲基化水平为6.6％，全甲基化水平为16.3％，总甲基化水平22.9％；　　 5.橡胶树幼态与老态无性系DNA甲基化模式差异有10种，差异位点有130个，占全部扩增位点的23.6％；　　 6.和老态无性系相比，幼态无性系发生重新甲基化位点的个数为45个，占总差异的34.7％。幼态无性系发生去甲基化位点的个数为69个，占总差异的46.9％，去甲基化占主导作用；　　 7.差异的DNA片段经过回收、测序和同源性分析，差异序列的功能可分为7类。