鸟类根据飞翔能力和迁徙范围的不同,可以分为不迁徙（留鸟）、部分迁徙、完全迁徙和长距离迁徙四种居留类型。相对于留鸟而言,候鸟更容易受到濒危与灭绝的威胁。相关研究表明,候鸟在迁徙途中和过冬地的栖息地质量深刻影响随后繁殖季节的繁殖成功率。因此在本文中,为了认识鸟类的生态、进化和保护,我们选取黑水鸡为实验对象,利用稳定同位素示踪法和分子遗传标记法研究鸟类在繁殖地、迁徙中途停歇地和过冬地之间的联系过程。本研究中,黑水鸡样品的采集时间为每年的3-8月。共有21个不同的采样地点,包括了江西、湖南、福建、安徽、广西、甘肃、贵州、湖北、山东以及浙江十个省份,共215个样品。对样品的主要取样方式为采集黑水鸡的肝脏、肌肉组织、血液样本以及部分羽毛样本。研究结果如下:运用P2,P8鸟类性别引物分析了共215个样品并进行性别鉴定,一共鉴定出207个个体性别,其中119个雌性个体和88个雄性个体。我们分析了其中185只黑水鸡线粒体控制区的的部分序列（1185bp）,其中有26个共享单倍型,其余94个是特有单倍型,所有的地理种群都与其它种群有共享的单倍型,其中H1单倍型分布最广。依据D-Loop数据,运用Beast软件运算的结果为黑水鸡种群在历史上发生过种群扩张,时间为22万年前左右。¹⁸O和²H方面,δD_p和δ¹⁸O_p随着纬度的升高而呈现出下降的趋势,且内陆地区低于沿海地区。δD_p范围较大,在-32.65‰^-90‰之间。东南沿海地区δ¹⁸Op相对于华北内陆地区稍高。国内δ¹⁸O_p跨度较大,分布范围在-4‰^-18‰之间。全部样品²H的丰度平均值为-76.19‰,取自同一地区的黑水鸡羽毛中氢同位素含量的平均值分布在-83‰^-55‰,其中最低平均值来自广西东兴,为-82.11‰,最高平均值来自江西萍乡,为-58.32‰,平均值集中分布在-80‰^-70‰。所测定出的δ¹⁸O_f的平均值为11.26;标准差为1.507;最大值为15.09,分布在邵阳;最小值为7.85,分布在南昌。同位素氘的比率在羽毛和降水之间存在明显的分馏,分馏系数是-44.449‰。δ¹⁸O在羽毛和降水中存在明显的分馏,分馏系数为14.785‰。氘值含量与当地纬度存在明显的负相关关系。δ¹⁸O_f与对应的纬度呈现负相关,即δ¹⁸O_f随纬度的降低而升高,与国内δ¹⁸O_p随纬度变化趋势相一致。黑水鸡迁徙连接方面,其迁徙中转站为徐州、单县、石家庄和蚌埠,而黑水鸡种群集中分布的换羽地为张家口和连云港。历史基因流方面,我们将19个种群分为7大种群,7大种群分别为:天水种群（TS）、华北种群（HB）、黄梅种群（HM）、华中种群（HZ）、西南种群（XN）、钱塘种群（QT）和福建种群（FJ）。7个种群之间历史基因流最大的是华中种群（HZ）到西南种群（XN）,最小的是西南种群（XN）到天水种群（TS）。将两个种群之间的总基因流进行比较,华中种群（HZ）与福建种群（FJ）之间的总历史基因流最大,西南种群（XN）和天水种群（TS）之间的总历史基因流最小。比较单个种群和其他6个种群之间的总基因流,华中种群（HZ）和其他6个种群之间的总基因流最大,黄梅种群（HM）和其他6个总群之间的总基因流最小。性别偏倚扩散方面,黑水鸡是雄性偏倚扩散。根据软件运算结果,整个种群中雌性的种群分化程度F_ST与相关系数（r）都是高于雄性,差异显著(雌性F_ST=0.045,雄性F_ST=0.024,P=0.03,雌性r=0.120,雄性r=0,059,P=0.03)。雌性的更正分配指数的平均值（mAI）为0.251,雄性的为-0.037,差异显著（P=0.01）。两者的更正分配指数的变异量vAI之间的差异不显著。候鸟种群中雌性的种群分化程度F_ST与相关系数（r）都是高于雄性,但是差异都是不显著(雌性F_ST=0.056,雄性F_ST=0.033,P=0.170,雌性r=0.139,雄性r=0.081,P=0.160)。雌性的更正分配指数的平均值（mAI）为0.528,雄性的为-0.418,差异不显著。两者的更正分配指数的变异量vAI之间的差异不显著。和候鸟种群一样,留鸟种群中雌性的种群分化程度F_ST与相关系数（r）同样都是高于雄性,但是差异也都是不显著(雌性F_ST=0.036,雄性F_ST=0.020,P=0.080,雌性r=0.098,雄性r=0.098,P=0.07)。雌性的更正分配指数的平均值（mAI）为0.198,雄性的为-0.306,差异不显著。两者的更正分配指数的变异量vAI之间的差异不显著。