撤回公诉制度以诉权为基础,是公诉变更的一种特殊形式,其理论基础为完整公诉权理论、诉讼经济理论以及检察裁量理论。我国检察机关撤回公诉制度在立法及司法解释层面呈现出二元背反的局面,立法上未得到明确规定,却在最高人民法院和最高人民检察院的司法解释中得到了详尽规定。以司法解释为构建基础的撤回公诉制度法律依据位阶低,法定撤诉事由过宽,法律效力不明、撤诉程序缺乏当事人参与、撤诉时间次数缺乏合理限制。受限于制度本身构建的缺陷,制度的司法实践运行呈现出混乱的局面,争议性案件层出不穷,本文结合胥敬祥案、刘志连案、胡电杰案、李庄案、杨波涛案这五个典型案例,辅以法检统计数据,对撤回公诉运行过程中的诸多问题加以阐释分析,其主要表现有:检察机关以撤回公诉规避无罪判决、撤回公诉后案件处理方式脱法运行、撤回公诉后被告人缺乏权利救济途径以及撤诉后重新起诉的恣意化。撤回公诉制度本应作为刑事诉讼过滤机制与程序补救机制,有利于维护当事人的合法利益,节约司法资源,提高诉讼效率,但实践中却沦为了检察机关操纵诉讼、避免不利结果的工具,究其原因,除了立法上的疏漏外,主要是由于绩效考核机制及审判去中心化诉讼模式的影响。要想保证我国检察机关撤回起诉权的行使程序化和规范化,首先要树立一事不再理原则,贯彻审判中心主义。其次,将制度纳入程序法制的轨道,以规则限制制度的具体运作:明确撤回公诉的案件范围,包括绝对不起诉、相对不起诉及管辖错误的情形,而目前我国司法解释中规定的证据不足或证据发生变化及按撤诉处理这两种情形应该明确废止;明确撤回公诉的时限及其法律效力;强化法官对撤回公诉的审查和制约;建构撤回公诉告知及防御机制,征求被告人的意见,参考被害人的意见;建立必要的救济程序。