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大菱鲆(Scophthalmus maximus)是原产欧洲沿海的一种特有的名贵低温经济鱼类。黄海水产研究所于1992年“跨洋引种”将其引入我国，目前已成为我国北方沿海工厂化养殖业的主导品种之一。由于目前环境改变，以及养殖区域不断扩大，因此对大菱鲆的分子遗传改良已成为节能环保、提高养殖效益和健康化养殖水平的当务之急。随着第二代测序技术的快速发展，高通量转录组测序成本大幅降低，为SNP标记的大规模筛选提供了契机。本课题在此背景下，基于大菱鲆高通量雌雄转录组数据，对大菱鲆进行了SNP标记的筛选，雌雄相关SNP标记的初步探究，以及具有耐温性状相关SNP标记位点的ATP合成酶α亚基的cDNA全长克隆。为今后利用这些大量的遗传学数据，进行优良品种培育提供了丰富的理论与实践依据。相关具体内容如下：1.开展大菱鲆SNP标记的筛选工作，选择其中45个SNP位点，设计引物63组，其中21（46.7%）个位点应用小片段高分辨率熔解曲线(HRM)技术分型成功。对其进行多态性检测，21个位点均具有二个单倍型。观测杂合度Ho的分布范围为0.256到1.000，期望杂合度He的范围从为0.276到0.518，19个位点符合Hardy-Weinberg平衡。14个SNP位点位于基因编码区，其中3个属于非同义突变。含有这些SNP位点的基因大多与信号转导和转录翻译相关。2.本研究选择上一章开发的SNP标记中的5个，进行大菱鲆雌雄性状遗传差异分析，计算SNP位点的有效等位基因数、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量及最小等位基因频率等结果，比较两个群体的遗传分化程度，遗传相似度和遗传距离，获得了与雌雄性状相关的2个SNP标记。S10的相关系数是-0.288（p<0.05），S11的相关系数是0.304（p<0.05）。3.本实验采用RT-PCR和RACE技术，根据转录组测序得到的序列，设计引物，进行RACE扩增，从大菱鲆脾脏组织中获取了ATPase-α基因的cDNA，2034bp，并对该序列进行生物信息学的分析，预测基因编码的氨基酸序列，最大ORF为1656bp，编码551个氨基酸，其分子量为59.75kDa，等电点为9.36，预测有4种二级结构，3个保守结构域。序列分析表明大菱鲆ATPase-α与其他脊椎动物的ATPase-α有较高的同源性，与硬骨鱼类亲缘关系较近。