利用深度测序技术筛选膀胱癌突变基因及对HECW1基因突变的验证

来源 :苏州大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:leaf678
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:利用外显子组深度测序技术发现和筛选膀胱移行细胞癌(Transitional CellCarcinoma Of Bladder, TCCB)中的致病候选基因,并通过Sanger测序技术进行验证,为膀胱癌病因学研究提供一定的理论依据,并探寻理想的肿瘤诊断标志物和有效的治疗靶点。方法:第一部分,取苏州大学附属第一医院2012年4月手术治疗的4例膀胱移行细胞癌患者癌及癌旁组织,其中2例为非肌层浸润性(非浸润组),2例为肌层浸润性(浸润组)。采用SOLID深度基因测序的方法进行全外显子组测序,寻找突变基因,并通过特定的筛选条件进行过滤,选出其中发生错义突变的基因。第二部分,取苏州大学附属第一医院病理科提供的2011年9月至2012年9月膀胱移行细胞癌术后腊片标本84例,其中浸润性54例,非浸润性30例,及2013年3月至5月本院手术治疗的膀胱移行细胞癌患者肿瘤组织15例,其中浸润性7例,非浸润性8例和10例癌旁组织作为对照,将此25例组织制作成蜡块。使用OMEGA试剂盒法提取癌及癌旁组织中基因组DNA,经聚合酶链反应(Polymerase ChainReaction,PCR)扩增后,应用Sanger测序技术验证深度测序中的突变结果。取制作的25例蜡块,采用免疫组化Envision二步法,观察HECW1蛋白在癌组织和癌旁组织中的表达差异。结果:第一部分:深度测序结果数据质量满意,发现众多突变基因,筛选出其中10个出现错义突变的基因,其中非浸润组4个,为IVL,RGPD5,ZNF79,SRRM5;浸润组3个,为CPNE7,RBMXL3,ACSM2A;两组共有3个,为HECW1,ZNF273,TCHH。第二部分:99例膀胱癌组织中发现6例HECW1基因突变,比例为6.06%,均为点突变,位于第11号外显子,且与深度测序突变位点相同或在附近区域。其中,38例非浸润性膀胱癌组织DNA中,1例同义突变,比例为2.63%;61例浸润性膀胱癌组织DNA中,4例错义突变和1例无义突变(即突变为终止密码子),比例为8.20%,两者突变比例无统计学意义(P>0.05),对照组10例未发现突变。免疫组化中,15例肿瘤组织9例阳性,阳性率60.0%,10例对照组1例阳性,阳性率10%,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:(1)深度测序技术,特别是全外显子组测序,可以作为泌尿系肿瘤病因学研究中行之有效的实验手段。(2)Sanger测序是检验深度测序结果的金标准。(3)HECW1可能是与膀胱癌发生发展有关的候选基因。(4)HECW1蛋白在膀胱癌组织中的表达高于癌旁组织。(5)HECW1基因突变在膀胱癌中的作用机制及是否影响蛋白的表达和功能还有待深入研究。
其他文献
二胡演奏是以形形色色的具体演奏技术作为它的支撑点和表现形态的,不经由对这些"小"技术的分别探讨阶段,就无法达到对音乐作品审美这一广阔领域的全面把握。本文通过对二胡演
前列腺癌是男性泌尿系统最常见的恶性肿瘤之一。miRNA在转录后水平对基因表达进行调控,在生命活动中发挥重要作用,并可通过类似癌基因、抑癌基因或其他方式调控肿瘤的发生、
本文介绍了CCD光谱仪的控制系统及数据处理方法。为了实现光谱测量的自动化,设计了驱动电路控制和计算机控制系统。编制的光谱软件,在对弱谱信号进行处理,奇偶差异信号修正以
<正>生态环境部近日出台《关于提升危险废物环境监管能力、利用处置能力和环境风险防范能力的指导意见》(以下简称《意见》),旨在进一步提升危险废物环境监管能力、利用处置
采用静电纺丝法制备了聚乙烯吡咯烷酮/钛酸正丁酯复合纳米纤维,经高温煅烧得到纯的TiO2纳米纤维材料并通过对罗丹明B的降解,研究了TiO2纳米纤维材料的光催化性能.结果表明,TiO2纳
<正>1安全生产标准化的定义及发展现状安全生产标准化指通过建立安全生产责任制以及制定安全管理制度和操作规程,排查、治理安全隐患和监控重大危险源,建立预防机制,规范生产
<正>单纯性脂肪肝是一种以肝细胞脂肪变性和脂肪贮积为病理特征的临床综合征,随着肥胖及相关代谢综合征全球化的流行趋势,单纯性脂肪肝患病率逐年上升,我国脂肪肝的发病率在5
背景:阿伦膦酸钠联合注射用骨肽治疗原发性骨质疏松症临床运用较多,但缺乏足够的循证医学依据。目的:系统评价口服阿伦膦酸钠联合注射用骨肽治疗原发性骨质疏松症的疗效及安
文章以马来西亚沙捞越大学为例,分析了当地州立大学为实现服务区域发展,在发展目标、院校设置、科研服务、教师评价、学生专业能力教育方面采取的具体举措,并探讨其对我国地
目的比较不同手术入路进行腹腔镜下右半结肠癌根治术的疗效。方法将2008年12月至2013年12月在广州市第十二人民医院行腹腔镜下右半结肠癌根治术的216例患者分为两组,A组(90例)采