南矶山自然保护区位于鄱阳湖西南岸，赣江入鄱阳湖的三角洲水域，地理坐标为E116°10′33″～116°25′05″，N28°52′05″-29°06′50″。受鄱阳湖水文影响，区内湖泊为吞吐型、季节性淡水湖泊，整个保护区呈现河、湖、滩交错的湿地景观。其特殊的地理位置和复杂的自然环境，孕育了该保护区丰富的自然资源和生物多样性。 2004年3月～2005年2月对保护区鱼类资源进行研究，共记录鱼类58种，隶属6目14科43属。其中鲤科鱼类37种，占总数的63.79％。区内鱼类多样性指数（H）为6.6679，优势度指数（λ）为0.3544，均匀性指数（E_H）为0.4041，表明区内鱼类群落的多样性程度较高，集中性较好，优势种明显，但均匀性欠佳。鲤、鲫的平均相对丰度为60.22％，为优势种。与以往记录相比，区内鱼类资源呈现物种衰竭以及个体小型化和低龄化的趋势。 利用RAPD标记分析区内鲤、鲫群体遗传变异，从40个随机引物中筛选出8个引物适合鲤群体RAPD扩增，共检测出60个位点，其中多态位点54个，多态位点比率为91％；从40个随机引物中筛选出8个引物适合鲫群体RAPD扩增，共检测出61个位点，其中多态位点51个，多态位点比率为82.03％。POPGENE分析结果表明：区内鲤群体的遗传多样性水平（He=0.3301，H₀=0.4910）和鲫群体的遗传多样性水平（He=0.3186，H₀=0.4758）都较高，都有较大的遗传变异。