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石榴为石榴科石榴属落叶果树,在食用、药用和绿化观赏方面具备较高的利用价值。通过构建石榴cDNA文库,开发EST-SSR引物,分析38个石榴品种的遗传多样性,绘制聚类图,为中国石榴品种鉴定、杂交育种以及分子标记辅助育种等领域提供参考。本试验结果如下:1、以软籽石榴品种“红玛瑙籽”成熟果实籽粒为材料,构建石榴cDNA文库,从石榴cDNA文库中随机挑选若干个克隆进行测序,获得1596条石榴EST序列,处理后共得到907个Unigenes序列,利用SSRIT软件在特定条件下搜索获得179个2到4核苷酸重复类型SSR,占所有Unigenes序列的19.7%,主要重复序列为二、三核苷酸重复,占全部SSR的95.5%。在所有二核苷酸重复序列中,(GA)n出现数量最多,出现频率为24.0%,TG以21.2%的比例紧随其次;所有三核苷酸重复序列中,(AGA)n、(AAG)n、(GAG)n出现的数量较为接近,分别以10.4%、9.0%、9.0%的比例占据前三位。2、通过Primer、DNAman等软件进行引物设计,在设定条件下共设计20对引物,并通过白玉石籽、泰山红、皮山2号这3个不同产地的石榴品种进行筛选,筛选得到10对得到预期片段的引物。3、使用聚丙烯酰胺凝胶电泳试验检测38个石榴品种,筛选得到8对引物,具有较高的多态性。利用这些引物对38个石榴品种进行多态性分析,平均检测出2.60个条带;观测杂合度的范围为0.125~0.833,(平均0.367);多态信息含量值的范围为0.080~0.664(平均0.377)。4、对这些新开发的标记进行遗传相似性和聚类分析,38个石榴品种的遗传相似性系数为0.68~0.97,平均为0.83,这说明供试石榴品种间遗传相似性较高。由聚类图可知,在相似性系数0.68处,38个石榴品种可划分为两大组,分别是以安徽品种为主的组I和以山东品种为主的组II,说明两地的石榴品种具有不同的遗传背景;组I在相似性系数为0.80条件下又分为3个亚组(I-A、I-B、I-C),其中亚组I-B全部为安徽淮北品种,说明安徽淮北的石榴具有较为独特的遗传背景。