传统公司法理论中基于股东“同质化”假定的同股同权、一股一权原则在我国长期公司法实践中被作为默认股权结构,其仅注重股东间形式上的平等,忽略了实质平等。随着经济全球化和我国资本市场多元化的发展,国家鼓励创新创业,新兴行业、新兴公司蓬勃发展,企业融资需求不断增强,公司创始人股东开始面临融资需求与股权被稀释的矛盾,与此同时,阿里巴巴、京东等著名企业赴海外上市并采取双层股权结构强化企业家控制权,此时双层股权结构逐渐引起关注。双层股权结构基于股东“异质化”理论,关注不同股东的不同利益诉求,寻求股东间实质平等,通过发行两种不同表决权类型的股份,能够解决企业家融资与维护控制权的双重需求,使得企业家实现自己的特质愿景,也有利于公司发展,提高资本市场活力。公司治理是现代资本市场中十分重要的一部分,在一定程度上来说,公司治理主要目的就是解决公司矛盾。双层股权结构作为股东异质化需求理论的现实载体,很好的迎合了多元化投资需求与资本市的发展,解决了企业家融资需求与维护企业控制权之间的矛盾,解决了股东同质化理论的诸多弊端,但双层股权结构同时也是一把双刃剑,其而存在诸多不足,例如增加代理成本、易造成公司治理混乱等。公司的治理权通常在股东会、董事会、监事会手中,双层股权结构中创始人股东具有特别表决权股份,其又应当担任公司的董事,能够对诸多事项行使实质上的控制权,其他非特别表决权股东作为代理理论中的委托者,自身利益缺乏保护,容易因信息不对称、权力不对等导致遭到控制股东侵害,此为代理成本问题。股东大会选举董事会和监事会,独立董事最终由股东大会决定,若不对特别表决权股东进行限制以及修改内部治理结构,则会导致特别表决权股东实际控制了董事会、监事会和独立董事,进而间接控制管理层。因此,双层股权结构下的有限公司、非上市股份公司、上市公司均有其治理问题,急需解决。因此,本文便从双层股权架构的内涵、制度特征、与公司治理衔接、法律基础、存在的问题逐步研究,最后针对存在的问题提出解决方案。