随着我国社会主义市场经济的发展和高等教育体制改革的不断深化,我国高等院校在面临着良好发展机遇的同时,也面临着严峻的挑战：部分高校在校园发展建设中出现了资金管理方面的问题和隐患,且高校的经济违法犯罪案件时有发生。在高校普遍扩招和筹资渠道多元化的背景下,高校内部控制制度的不完善会直接影响高校正常的教学、科研秩序和日常工作的开展,以此引发的一系列问题已经引起了教育界的广泛关注。因此,建立健全我国高校内部控制体系,对于完善我国高校治理结构和实现高校发展目标具有重要意义。目前国内外众多学者基于不同角度对企业内部控制问题开展了丰富的研究,建立了一套相对完善的理论体系,而无论是理论界还是实务界,对于高等学校的内部控制研究则相对较少。另外,问责机制作为一种内部控制的活动,能有效保证内部控制制度的开展和实施,将问责机制贯彻于高校内部控制建设中,可以有效提高内部控制的效率。本文对当前我国高校内部控制建设的实际情况和现状进行了分析,结合国外高校的内部控制以及公司内部控制的实践经验,在对问责机制和内部控制进行理论分析的基础上,运用COSO内部控制框架以S高校为例构建了高校的内部控制体系,结合问责机制就其内部控制中需要加强的领域提出了制度性建议,使问责机制成为高校内部管理的一个有效工具,以更好地提升高校教学、科研和整体管理水平,优化资源配置,促进高等教育的改革深化和高校的良好健康发展。