基于模糊聚类的顶点着色算法识别阿尔茨海默病的候选基因

来源 :四川师范大学 | 被引量 : 1次 | 上传用户:yaer7201982
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阿尔茨海默病一种最常见的痴呆病,估计目前国内患有该病的人数达到900万。但是目前治疗该病并没有有效的药物,仅仅是缓解病情的发展,因此识别与阿尔茨海默病相关的候选基因是一项重要任务。通过设计算法,分析基因表达数据,识别出与疾病相关的候选基因,研究阿尔茨海默病的发病机制,从而达到治疗阿尔茨海默病。聚类是计算分析的一种常用方法。本文的总体思想是通过模糊聚类方法把基因数据分成一些大类,然后利用顶点着色原理把每个大类进行再次分类,最后分析分类结果,识别出与阿尔茨海默病相关的候选基因。在本文中,首先判断了基因表达数据是具有聚类趋势,再者根据模糊聚类中目标函数和有效性指标函数,从而确定了模糊指数和聚类数目的取值,最后利用顶点着色算法细分每个大类,得到分类结果和孤立基因。利用以上方法,本文识别出了45个孤立基因可能与阿尔茨海默病有关,其中3个基因(SST、MOBP和NTRK2)已经报道了与阿尔茨海默病有关,另外3个基因(KIF18A、PLEC和VIM)与细胞骨架有关,3个基因(HLA-DQB1、HLA-DRA和SPN)与免疫应答有关以及IL17RB与炎症有关。最后给出了一些基因与阿尔茨海默病的关系图。
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