建设研究型大学是时代发展、科技进步、高等教育改革的客观要求，是建设世界一流大学的必由之路，也是建设创新型国家的重要途径。提升科技管理水平，构建适应研究型农业大学科技发展的管理体制与运行机制是推动高等教育发展、农业大学科技创新、解决“三农”问题和建设社会主义新农村的必然选择。 本文以研究型农业大学为研究对象，以高等学校科研过程及相关理论为依据，从科技管理诸要素和各个环节内在联系入手，采用文献法和调查法，展开研究型大学科技管理背景研究、现状研究、比较研究和专题研究，探索高等学校科技管理体制与运行机制的基本内涵、现状与存在的问题，分析国外研究型大学科技管理体制与运行机制的成功经验，提出研究型农业大学科技管理的指导思想和基本原则，力图构建符合研究型农业大学科技发展规律的科技管理体制与运行机制的框架。 本文研究了美国、德国、日本研究型大学科技管理体制的基本框架和科研组织机构，概述了国外研究型农业大学科技管理运行机制的现状和特点，从中学习经验、得出启示；阐述了我国高等学校科技管理体制与机制的历史沿革与现状，比较了我国三所农业大学科学研究及科技管理的基本情况，分析了我国农业大学科技管理存在的三方面突出问题。 在吸收国外大学科技管理成功经验、分析我国存在问题的基础上，提出了研究型农业大学科技管理体制与运行机制的建立要贯穿法制化和以人为本的管理理念，引入了整合思想，并将其贯穿在学术发展、团队建设、平台搭建、项目管理、科技管理组织建设当中；分析了科技管理体制与机制构建的基本原则；提出研究型农业大学要建立矩阵式的校、院(系)两级管理体制，建立特区式的大型科技创新平台管理体制，建立以农业大学为依托的农业科技转化推广体系；建立独立化、实体化的科技创新平台运行机制，矩阵式、动态的科研项目目标管理机制，“大师+团队”的科技创新团队组织模式和多元化的科研绩效评价体系及其竞争激励机制。本文还简要总结了研究的创新成果和不足，提出了下一步研究的建议。