雷竹林冬季地表覆盖增温和施肥为核心的集约经营技术被广泛推广应用，为揭示这一特殊经营措施对氧化亚氮和二氧化碳两种温室气体排放和土壤氨氧化微生物群落结构的影响布置了2个试验：1)雷竹林覆盖过程中不同施肥对土壤温室气体排放及氨氧化微生物的影响；2)无林地覆盖过程中不同施肥及硝化抑制剂对土壤温室气体排放和氨氧化微生物的影响。试验期间每隔20天采样分析了共6次气体。结果表明，雷竹覆盖处理CO₂和N₂O气体排放量明显高于未覆盖处理，前者CO₂通量是后者的2.0-14.04倍不等（平均6.79倍），N₂O气体则7.03-47.09倍（平均26.30倍）。推算试验期间林覆盖雷竹林比不覆盖林地多分别排放3.3Mg ha^-1CO₂-C和38Kg ha^-1N₂O气体。不同施肥处理对CO₂排放没有持续而一致的影响，而对N₂O气体排放影响则有明显的差异，不施肥以及单施尿素处理N₂O排放量明显高于复合肥和尿素与氯化钾混合施肥；冗余分析表明，气体排放与养分的负相关。从减少温室气体排放角度出发，推荐覆盖前施用复合肥或尿素与氯化钾混合施用，不建议单独施用尿素。应用PCR-DGGE分析土壤氨氧化细菌（AOB）和氨氧化古菌（AOA）群落结构及多样性，应用实时荧光定量PCR分析土壤中AOB和AOA的丰度。结果表明，雷竹林覆盖和施肥1个月后发现，冬天覆盖能增加土壤AOB的活性，而多样性没发生明显变化；不同施肥处理对土壤AOB群落有一定影响但不显著，所有样品AOB物种相似度（0.61）大于0.6的临界值。同一处理的3个重复首先被聚为一类，重复间的相似度高于处理间，说明不同肥料品种对土壤AOB的影响；复合肥（处理1）增加了土壤AOB的多样性，尿素（处理2）、特别是尿素+氯化钾（处理3）则抑制了土壤AOB的某些物种，从而降低了其多样性。施肥提高了AOB的amoA基因的拷贝数，不同处理土壤AOB功能基因amoA丰度从高到低为：处理2>处理3>处理1>对照2（不施肥），其中处理2和处理3明显高于（p<0.05）对照2。覆盖和施肥处理均没有引起土壤AOA群落的明显变化，所有样品归为一类的相似值为0.67，不同处理对土壤AOA物种结构以及多样性指数（Shannon index）均没有显著影响。覆盖增加土壤AOA的活性，也没有改变其群落结构。不同处理土壤AOA功能基因amoA丰度从高到低为：处理3>对照2>处理2>处理1，且处理3明显高于（p<0.05）处理1。土壤AOA/AOB比值（小于0.5）明显低于其它研究结果。结论，虽然短期不同施肥处理对土壤AOB和AOA没有显著的影响结果，长期施用相同的肥料将产生累积效果；雷竹林集约经营施肥量远超于一般农业施肥加上冬季覆盖对土壤氨氧化微生物的群落结构和多样性有明显的负面影响，特别是单纯大量施用尿素对土壤氨氧化微生物不利，结合模拟试验硝化抑制剂DMPP抑制作用阶段性的特点和氨氧化微生物多样性的特征，建议N肥、K肥、DMPP配合施用，但施用量不易过高。