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鳞翅目(Lepidoptera)是昆虫纲中第二大目,中国已知约有8000多个物种。但目前可利用的鳞翅目物种线粒体全序列较少。枯叶蛱蝶(Kallima inachus)和燕凤蝶(Lamproptera curia)都属于国家保护的有重要经济、科学研究价值的珍贵物种。本文测定了枯叶蛱蝶和燕凤蝶线粒体基因组全序列,并构建了鳞翅目的系统发育树,利用13种蛋白质编码基因对鳞翅目部分类群间系统发生关系进行分析。枯叶蛱蝶线粒体基因组全长15,141bp。包含13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和一个AT富含区,基因排列顺序和方向与鳞翅目其他物种一致。枯叶蛱蝶线粒体基因组的碱基组成上存在严重的AT偏向性,除COI的起始密码为CGA外,其余蛋白质编码基因的起始密码都是典型的ATN。终止密码的使用一般是TAA或者TAG,以TAA为终止密码的基因有8个(ND2、ATP8、ATP6、COⅢ、ND5、ND4L、ND6和Cytb),ND1和ND3两个基因以TAG为终止密码,其余3个是不完全终止密码,其中COⅠ和COⅡ使用T,ND4使用TA。除tRNASer(AGY)外,其余tRNA都显示典型的三叶草结构。334bp长的AT富含区中包含1个17bp的串联重复序列,含有可能是转录和复制的起点,并且在这个区域中出现了一个可能是第二复制起点的茎环结构及类似tRNALys和tRNAPhe的序列结构。经PCR扩增和序列测定,得到燕凤蝶线粒体基因组全序列的长度为15,191bp,包含了13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、16SrRNA基因和12SrRNA基因,及一个396bp的AT富含区。燕凤蝶的AT偏斜值和GC偏斜值分别为：-0.003和-0.188。除COⅠ的起始密码为CGA外,其余蛋白质编码基因的起始密码都是典型的ATN。终止密码的使用,ND2、ATP8、ATP6、COⅢ、ND4L、ND6和Cytb这7个基因为TAA, ND1和ND3为TAG,其余4个基因(COⅠ、COⅡ、ND5和ND4)使用不完全终止密码。除tRNASer(AGY)缺少二氢尿嘧啶臂外,预测的tRNA二级结构都显示了三叶草结构。将本研究中的枯叶蛱蝶和燕凤蝶线粒体全序列,与已测得的44个鳞翅目物种线粒体基因组全序列结合,以3个双翅目物种作为外群,形成核苷酸数据集和氨基酸数据集,并分别使用最大似然法(ML)和贝叶斯推断法(BI)构建了4个系统发育树。所得4个系统发育树拓扑结构相似：(((((蚕蛾总科+尺蛾总科)+夜蛾总科)+螟蛾总科)+(凤蝶总科+弄蝶总科))+卷蛾总科)。蚕蛾总科、尺蛾总科和夜蛾总科关系较近,但没有和蝶类聚在一起,形成大鳞翅类。同时,在ML和BI系统树中,16个科的物种都独立形成各自分支,很好的显示了各科的单系性,与形态分类结果相符。灯蛾科和毒蛾科关系较近,与夜蛾科是姐妹关系：在不考虑弄蝶科的情况下,支持蛱蝶科与灰蝶科关系较近。弄蝶总科归入凤蝶总科内部,位置关系不确定。