对于中国这样的农业人口大国,要走出中国特色的新型工业化道路的一个关键环节在于实现传统农业向现代农业的转变,其实质是农业的深度转型。本文评析了理论界各流派,特别是在深入研析马克思经典论著中关于农业与工业相结合理论、协作劳动集结论和工业对农业反作用论等论述的基础上,论证了农业工业化战略是我国农业深度转型的唯一战略选择。农业工业化战略是指运用工业化的经营方式和管理模式来谋划农业生产,实现农业与工业的高级形态的产业整合,包含农业生产过程的工业化、农业生产结果的工业化和农业产业经营管理的现代化,最终形成工业化的新型农业生产方式。鉴于农业的强制度偏好,农业工业化战略实施的重点之一在于农业制度体系的相应创新。本文剖析了中国农业制度系统的现状,指出了在小部门化农业的工业化转型过程中现行农业制度存在着生产结构性矛盾突出、农业科技支持乏力、农业基础设施等公共品供给脆弱、市场机制不健全、产业化经营组织发展滞后、工业资本对农业的支持渗透不足、农民增收途径缺乏、农业人力资源开发不足和城乡差距过大等种种问题。本文独创性地将影响、制约或促进农业工业化发展的相关制度整合构筑成为一个制度体系。它由决定农业生产要素配置和运用的农业基本制度、决定农业生产经营和农业支持保障的农业关联制度、以及影响农业工业化进程的非正式制度三个部分组成。其中,农业基本制度包括农地产权制度、农村户籍制度、农业金融制度和农业科技制度；农业关联制度包括农业产业经营组织制度、农产品价格制度、农业公共品供给制度、农村社会保障制度等；农业非正式制度则主要涉及农村基层政权职能运行、农民文化素质理念等问题。这些正式与非正式制度都面临着适应农业工业化发展需要而进行制度创新的压力(或动力)。当然,任何制度创新——即使是决策当局主动选择的渐进式制度创新,都不可避免地面临着旧制度的障碍。本文在充分研究和借鉴欧美日韩等国家通过制度变迁实现农业工业化转型的国际经验的基础上,针对我国现行农业制度创新的各方障碍,提出了由农业基本制度、农业关联制度、农业非正式制度及其所包含的十个方面的具体制度创新对策组成的农业制度创新体系。试图尽可能触及我国农业制度系统改革创新的本质层面从而为实施农业工业化发展战略提供更加适应的制度环境。其中比较具有独创性的观点有：支持农户获得永久性土地使用权,并实现农地产权的资本化流转；通过对户籍制度的立法来规范和形成长期稳定、有法可依的户籍管理体系,同时剥离户籍原有的那些附加功能,使农业剩余劳动力转移更加适应市场机制；从工业反哺农业的角度探讨了农产品价格制度创新的促进农民增收增利的本质；从农村基层政权职能转换的角度剖析了农业经济个体实现工业化发展的微观环境；以及用近年来成都市统筹城乡发展、推进城乡一体化改革实践中的制度创新举措对比评价和预测本文制度创新对策的实施前景等等。本文进一步进行了农业制度创新的可行性和可操作性评价。一是建立了农业制度创新的成本—收益分析一般模型,并作了实例分析；二是选择HN省HN县农业产业组织制度变迁的实际案例进行了剖析和比较评价。最后,对本课题研究的不足和前景作了展望。