一株泛耐药肺炎克雷伯菌耐药机制研究

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目的:我们报告了一株从患者尿液中收集到的泛耐药(Pandrug-resistant,PDR)肺炎克雷伯菌(命名为KP13223),该菌株对碳青霉烯类、替加环素、多黏菌素及头孢他啶/阿维巴坦等均耐药。本研究的目的是为了阐明这株PDR细菌的耐药机制,并为控制这些超级耐药细菌的传播提供理论依据。方法:通过微量肉汤稀释法、琼脂稀释法进行体外药敏试验,确定菌株的耐药表型;通过聚合酶链反应检测5种常见碳青霉烯酶基因bla KPC,bla NDM,bla IMP,bla VIM,bla OXA-48及多黏菌素耐药基因mcr-1,并对PCR产物进行一代基因测序及序列比对验证。通过S1 PFGE以及Southern印迹杂交对耐药质粒进行定位分析;以大肠埃希菌J53作为受体菌,进行菌株接合实验证明耐药质粒的可转移性;对菌株进行全基因组测序,分析该菌株的ST型,相关耐药基因周围结构,携带耐药基因的质粒类型;同时还通过外排泵抑制表型实验及定量PCR(q RT-PCR)分析评估RND型外排泵相关基因及调控基因在该菌株对替加环素耐药方面所起的作用。结果:这株PDR肺炎克雷伯菌KP13223对我们所测的9种抗菌药物均表现为耐药,包括阿米卡星、磷霉素、氨曲南、碳青霉烯类、替加环素、多黏菌素以及头孢他啶/阿维巴坦。其中亚胺培南的MIC为128mg/L,替加环素的MIC为8mg/L,多黏菌素的MIC为4mg/L,头孢他啶/阿维巴坦的MIC>128mg/L。PCR结果显示,KP13223携带bla KPC-2、bla NDM-5以及mcr-1耐药基因。S1-PFGE以及Southern印迹杂交定位分析发现耐药基因位于不同质粒,携带bla KPC-2的质粒大小约104.5-138.9kb;携带bla NDM-5的耐药质粒大小约33.3-54.7kb;携带mcr-1的耐药质粒大小约33.3-40kb。通过接合实验证实这三种耐药质粒均具有可转移性。全基因组测序结果显示,KP13223属于ST11型。bla KPC-2位于Inc FII型质粒,其周围结构为:ISkpn6-bla KPC-2-hp-IS481-hp-IS6-Tni A,该质粒还含有氨基糖苷类耐药基因rmt B、β-内酰胺类耐药基因bla SHV-12、bla TEM-1B;bla NDM-5位于Inc X3型质粒,其周围结构为bla NDM-5-IS5-ISAba125-IS3000-hp-Tn3。mcr-1基因位于Inc X4型质粒,其周围结构为IS5-mcr-1-hp。KP13223对替加环素耐药,外排泵抑制表型实验证实3种外排泵抑制剂NMP、PAβN、CCCP都有明显的抑制效果,其中以NMP最显著,并且能恢复KP13223菌株对替加环素敏感性。通过基因分析及定量PCR检测发现KP13223对替加环素耐药的原因是acr A、acr B突变以及mar R突变,引起Acr AB外排泵的高表达。结论:我们从一名尿路感染患者的尿液中,分离出了一株PDR肺炎克雷伯菌,是中国为数不多的对阿米卡星、磷霉素、氨曲南、碳青霉烯类、替加环素、多黏菌素以及头孢他啶/阿维巴坦均耐药肺炎克雷伯菌的报道。bla KPC-2、bla NDM-5以及mcr-1基因分别位于三个不同质粒上,这些携带耐药基因的质粒具有可转移性,存在耐药基因水平传播风险。该菌株对替加环素耐药是由外排泵基因acr A、acr B突变以及外排泵调控基因mar R突变导致Acr AB外排泵的高表达引起的。这种泛耐药病原体的传播,对全球公共健康造成巨大威胁,因此建立完善的监测系统,避免耐药基因的水平传播势在必行。
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