国家管辖范围外的公海占据了地球绝大部分的面积,随着各国远洋和深海技术的发展,公海日益成为了各国资源获取的必争之地。现有的公海自由原则和国际海底区域制度受制于其制定时代,对于公海环境和资源的养护缺乏细节性的规制,脆弱的公海生物系统面临着巨大的威胁,这将对各国的可持续发展和全人类的共同利益造成损害。对主权范围外的公海进行有序的海洋治理成为了现代海洋法的发展趋势之一,公海保护区制度应运而生。尽管未有对于公海保护区制度进行直接规制的国际法律,但在《海洋法公约》和《生物多样性公约》的框架下,国际社会已经展开了全球各个区域内公海保护区的实践。现已建成了以南奥克尼群岛公海保护区为代表了四个保护区,区域性的建设实践为公海保护区制度的发展提供了实践经验和依据。本文介绍了公海保护区制度的概念,作为全新的就地保护形式,公海保护区为深海生物养护提供了新的视阈,也是海洋法变革给我国带来的挑战和机遇。通过比较分析公海保护区发展过程中与现行《海洋法公约》及《生物多样性公约》体系下的“公海自由”原则及“国际海底区域”制度的差异,提出了公海保护区制度在后续发展过程中可能遭遇的制度屏障,通过明晰公海自由和公海保护的关系,倡导开展国家管辖范围外的公海保护合作并界定公海保护的范围等方式实现公海保护区制度和“公海自由”原则及“国际海底区域”之间的融合协调,从而论证公海保护区制度在现有国际法体系下发展的可能性。我国作为海洋大国,海洋利益事关我国的后续发展,结合目前海洋保护区的发展状况和公海保护区的趋势预判,提出了借鉴其他国家经验下的具体措施,以求我国能够把握住此轮变革契机,实现本国深海战略。