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本文通过传统可量性状和框架结构的形态学标记、线粒体DNA的Cyt-b基因和D-Loop基因两种分子标记对珠江流域三种野生鱼类进行遗传多样性分析与评价。其中飘鱼(Pseudolaubuca sinensis)采集了5个江段共134尾样本,南方拟(?)(Pseudohemiculter dispar)采集了9个江段共278尾样本,(?)(Hemicculter Leuciclus)采集了10个江段共317尾样本。9项传统可量性状和24项框架结构性状分析结果:1)飘鱼:单因素方差分析结果显示桂江群体在绝大多数性状中与其他群体间的差异显著(P<0.05)。主成分分析分别获得3个(传统)和7个(框架)主成分因子,可用来说明各地理群体间的形态差异。聚类分析结果,各群体间的聚类关系不明显。2)南方拟(?):单因素方差分析结果显示各群体在眼径、眼间距和体高等性状上差异显著(P<0.05),在头长性状上无显著差异(P>0.05)。主成分分析分别获得3个(传统)和7个(框架)主成分因子,可以说明各地理群体间的形态差异。聚类分析中,左江群体与融江群体聚类关系较近,桂江群体与北江群体聚类关系较近。3)(?):单因素方差分析结果显示融江群体和北江群体在绝大多数性状中与其他群体间的差异显著(P<0.05)。主成分分析分别获得3个(传统)和7个(框架)主成分因子,可说明各地理群体间的形态差异。聚类分析结果,东江群体和漓江群体聚类关系较近。Cyt-b基因和D-Loop基因两种线粒体分子标记分析结果:1)飘鱼群体遗传多样性程度低(Hd=0.77859/0.74391,π=0.00352/0.00297),仅有横县群体出现多样性水平高的情况(Hd=0.83810/0.70476,π=0.02018/0.00979)。遗传分化和遗传距离分析显示:飘鱼各地理群体间处于低度遗传分化水平(Fst<0.15,Nm>1),亲缘关系较近(D<0.05)。系统发育分析发现各地理群体间没有明确的地理分布差异。2)南方拟(?)群体属于遗传多样性丰富的群体(Hd=0.95438/0.96295,π=0.07197/0.07144),但东江群体、左江群体和右江群体出现了高单倍型多样性和低核苷酸多样性的情况(Hd>0.5,π<0.005)。遗传分化和遗传距离分析显示:除郁江群体、融江群体、左江群体、右江群体互相之间以及都柳江和桂江群体之间处于低度遗传分化水平(Fst<0.15,Nm>1),亲缘关系较近(D<0.05);其余各地理群体互相之间均产生了高度遗传分化(Fst>0.25,Nm<1),亲缘关系较远(D>0.05)。系统发育分析发现黔江群体单独聚为一支,东江群体单独聚为一支。3)(?)群体属于遗传多样性丰富的群体(Hd=0.74666/0.94148,π=0.02830/0.02083),漓江群体出现低单倍型多样性和高核苷酸多样性的特殊现象(Hd=0.30317/0.38889,π=0.01095/0.01171)。遗传分化和遗传距离分析显示:除了都柳江群体、漓江群体与其他群体之间产生了高度的遗传分化(Fst>0.25,Nm<1),其余地理群体间仍处于中/低度遗传分化水平(Fst<0.25,Nm>1)。系统发育分析发现漓江群体单独聚为一支,都柳江群体单独聚为一支。综上所述:南方拟(?)和(?)两种野生鱼类的遗传多样性状况良好,但飘鱼的遗传多样性程度偏低,因而飘鱼的渔业资源状况保护和管理需加以重视。