ISSR和SSR标记在大豆、油菜、西瓜种子真实性和纯度鉴定中的比较品种真实性与纯度鉴定对保证种子质量具有重要作用,利用DNA分子标记技术进行种子质量检测,具有高效、快速、准确等优点。本研究以浙江省主栽的大豆、油菜、西瓜品种为材料,比较ISSR和SSR分子标记在品种真实性和纯度鉴定上的应用效果,主要结果如下：1、应用均匀设计对大豆、油菜、西瓜PCR体系进行优化,确立各自最适的ISSR和SSR反应体系。Mg2+、dNTPs、引物、Taq酶浓度的变化均会影响PCR扩增结果,组合中Mg2+或Taq酶浓度过高将导致扩增谱带拖尾或弥散。2、对大豆、油菜、西瓜共48个品种分别进行了ISSR和SSR分子标记鉴定。结合4条ISSR或5对SSR引物可以将15个大豆品种相互鉴别,2条ISSR或6对SSR引物可以将15个油菜品种相互鉴别,2条ISSR或5对SSR引物可以将18个西瓜品种相互鉴别。3、比较了大豆、油菜、西瓜品种ISSR和SSR分子标记鉴定真实性的效果。SSR标记的多态性比率、位点平均信息量和标记指数高于ISSR标记,平均扩增谱带数、有效多元比率则低于ISSR标记。研究表明SSR分子标记检测位点较少,但特异性强,具有较高的标记效率,适用于大量品种的真实性鉴定分析。4、建立了大豆、油菜室内分子标记遗传纯度鉴定结果与田间纯度鉴定结果的回归关系,得到纯度鉴定的预测方程式,由此可利用分子标记遗传纯度鉴定结果进行田间纯度的预测。