近几年来,我国的经济迈进了快速增长的阶段,农牧民专业合作社的发展受到了国家的关注。农民专业合作社作为连接农户与市场经济的发展桥梁,在实现合作社农户的集约化、统一化、农业产业现代化、产业升级化都起到重要作用。牧区相对农区来说距离市区相对偏远,且牧区中每户之间相对分散,牧民在生活与生产方式选择方面比较单一,牧民受到多重因素的影响下会造成收入的不稳定,牧民加入合作社成为一种趋势,搭建牧民专业合作社平台,以牧区能人带动为主导,充分发挥合作社示范的带头作用,这样有利于增加牧民收入、促进牧区经济的发展。在《农民专业合作社法》颁布与修订的十年间,合作社的发展虽然得到了政府以及相关部门的大力支持,但是合作社发展仍存在大量问题,其中最受关注的是合作社的盈余分配问题。本文以盈余分配作为切入点,研究农牧民专业合作社盈余分配的影响因素。首先通过梳理国内外盈余分配相关文献,并对国内外文献进行评述,以利益相关者理论、集体行动理论、产权理论与收入分配理论为理论基础;其次,结合通辽市合作社调研数据、农牧业局以及统计年鉴资料对通辽市农牧民专业合作社盈余分配现状进行分析,探究通辽市农牧民专业合作社盈余分配影响因素,并指出合作社在盈余分配方面存在的问题;第三,采用主成分分析对股权结构、治理结构、经营管理中的9个变量进行主成分提取,解决了高信息复杂度指标转化为信息独立指标集问题,再通过二元Logistic模型对提取后的主成分因素进行显著分析;最后通过对盈余分配存在的问题进行深度剖析。由此提出合作社应规范合作社股权结构,提升合作文化;加强合作社经营管理,构建完整体系;完善合作社治理结构,实现产业升级等建议。完善的合作社盈余分配机制,有利于保障农牧民的利益,提高农牧民参与积极性,从而达到社会效益与经济效益双丰收,实现合作社长远发展的战略目标。