十八届四中全会以来,我国不断探索检察机关提起行政公益诉讼制度,落实对国家利益和社会公共利益的保障工作,并将行政公益诉讼制度写入法律。2017年7月我国新修订的《中华人民共和国行政诉讼法》明确规定了检察机关为行政公益诉讼起诉人。行政公益诉讼起诉主体与一般行政诉讼原告存在差异,一般行政诉讼的原告为具体行政行为遭受损害的行政相对人一方,其与行政机关间存在被管理者与管理者的关系,而检察机关作为法律监督机关行使法律监督权,独立于行政机关的行政权,因此行政公益诉讼在举证责任分配方面不同于一般行政诉讼。举证责任分配作为行政公益诉讼中最关键的步骤,其分配规则不仅影响对整个案件事实的认定,也关系到审判的结果,甚至制度的设计,但是我国对于行政公益诉讼举证责任分配问题的研究尚处于起步阶段,学界也未给出通说观点,因此建立何种举证责任分配规则以及如何合理分配行政公益诉讼举证责任将成为本文探究的重点。检察机关提起行政公益诉讼作为一种新兴的诉讼制度,虽然历经了两年的试点,但是在立法和实践中仍存在很多问题。本文主要采用文献研究法、比较分析法和实证分析法展开论证。通过对比国内外行政公益诉讼举证责任分配规则的区别,以及对比我国行政公益诉讼同一般行政诉讼和民事公益诉讼在举证责任分配中存在的区别,探索行政公益诉讼举证责任分配的特殊性;通过对中国裁判文书网178例标准意义的行政公益诉讼案例的整理分析和总结,从司法案例的角度管窥行政公益诉讼举证责任分配中存在的问题,包括行政公益诉讼中举证责任分配不均衡、举证责任分配承担事项不明确、行政公益诉讼起诉人缺乏强制调查权以及鉴定机构社会责任承担不足导致举证费用居高不下限制举证责任的承担等问题,并对相应问题提出了完善建议。通过案件类型化研究,优化行政公益诉讼举证责任分配规则,提出构建“谁主张,谁举证”与“举证责任倒置”相结合的综合举证责任分配规则;明晰行政公益诉讼举证责任分配的承担事项,重视检察建议工作,规范行政权的行使;通过赋予行政公益诉讼起诉人强制调查权,为检察机关收集证据提供便利,督促行政机关依法行使法定职责;通过强化鉴定机构承担行政公益诉讼案件的社会责任,降低检察机关承担举证责任的成本,拓宽行政公益诉讼受案范围,切实保护国家和社会公共利益。