世界上最大的淡水龟—大鳄龟(Macroclemys temminckii)是我国的引进种,野生资源分布于北美洲,是集食用、观赏、药用于一身的水产肉类经济动物。近二十年中,由于过度的捕杀,野生大鳄龟的数目逐渐下降,已被列为世界濒危野生动物保护红皮书名录,其保护生物学的研究受到广泛的关注。背瘤丽蚌(Lamprotula leai)是丽蚌属中产量大、分布广的常见种之一,其贝壳厚实,肉可以食用或做饲料,也是大型有核珍珠珠核的主要原材料,具有较高的经济价值。我国安徽、江苏、浙江、江西等省的大、中型湖泊及河流中均有分布,是我国特有的淡水经济贝类。人为的过度捕捉、环境污染等因素使得野生资源数目越来越少,分布的区域也在急剧缩小。目前背瘤丽蚌已被确定为安徽省一级保护水生野生动物和湖北省二级保护动物。大鳄龟和背瘤丽蚌都是我国水产养殖的热门品种,带动了地区经济的发展。目前为止,两个物种的种质资源信息尚不完善,国内对于二者的遗传多样性和遗传结构研究尚未涉及。理论的研究不足与当今的养殖迅猛趋势极不相称,这极大阻碍了两种经济动物养殖的可持续发展。为了建立种质资源及为分子育种提供遗传资料,更好地保护野生资源,本研究运用跨种扩增法筛选了大鳄龟和背瘤丽蚌的微卫星标记,同时运用本研究获得的微卫星引物分析了两种经济动物的遗传多样性以及遗传结构。主要研究结果如下：1.通过跨种扩增法成功筛选8个具有多态性的大鳄龟微卫星位点并且对于24个个体进行了遗传多样性分析。共发现有30个等位基因,平均为3.75个；观测杂合度(Ho)的范围是0.042-0.955,平均为0.385；期望杂合度(HE)的范围为0.042-0.812,平均为0.479；多态信息含量范围为0.040-0.759,平均为0.423。经过卡方检验,有4个位点显著偏离了Hardy-Weinberg平衡(PX49、BHT32、BHT64、Cc-8),通过Micro-checker对位点进行检测,发现PX49、BHT64微卫星标记存在无效等位基因,这可能是造成偏离Hardy-Weinberg平衡的主要原因。高密度养殖、样本的数目较少也可能是造成偏离Hardy-Weinberg平衡的原因。总体上筛选出的8个微卫星位点可以进一步用于大鳄龟的遗传多样性和群体遗传结构的研究。2.通过跨种扩增筛选得到15对具有多态性背瘤丽蚌微卫星位点,并对4个背瘤丽蚌地理种群：鄱阳湖(PY)、洞庭湖(DT)、洪泽湖(HZ)、安庆湖(AQ)进行了遗传结构分析。结果显示：4个种群总共检测到114个等位基因,其中数目从2到21个不等,平均等位基因数为7.6；鄱阳湖拥有最高的观测杂合度(Ho)0.455,洪泽湖具有最大的期望杂合度(HE)0.868。背瘤丽蚌4个群体在各个位点的多态信息含量和遗传杂合度都较高,遗传多样性较丰富,具有较好的群体遗传结构。检测发现所有位点不存在连锁不平衡现象,表明这些微卫星位点可以用来分析物种的遗传信息。分子变异方差分析表明,12.56%的分化存在于种群间,44.68%的分化存在于种群内部。两两种群间的Fst值在0.073和0.145之间,全部小于0.15,说明种群间存在中等程度分化。UPGMA聚类分析表明安庆湖(AQ)和洞庭湖(DT)聚为一支,推断安庆湖个体可能来自洞庭湖；鄱阳湖(PY)和洪泽湖(HZ)聚为一支,这种现象可能与湖泊分布的地理位置有关,最后两支相聚。本研究为背瘤丽蚌的亲本选育以及种质开发提供了遗传数据。