随着改革开放的不断深化和全球化趋势的不断加强,越来越多的境外非政府组织不断进入中国开展扶贫、救灾、环保、教育、文化、科技、法治等领域开展工作。然而,境外非政府组织数量庞大,背景复杂,一些怀有不良政治动机的组织趁机而入,对国家安全中传统安全和非传统安全等多方面产生了不良影响。本文尝试运用非政府组织管理的基本理论,全面系统地梳理了境外非政府组织在华发展的历史和现状,客观分析了境外非政府组织在华活动对我国传统国家安全和非传统国家安全两大方面的影响,总结了境外非政府组织对国家安全产生影响的原因,并通过世界宣明会、利众基金会和绿色和平组织三个案例剖析进行了进一步的印证分析。最后,再分析了我国目前对境外非政府组织的管理机制,并从维护传统国家安全和维护非传统国家安全两个角度提出了相应的管理政策建议。本文认为,境外非政府组织借各种名义实施带有政治目的的敏感活动,对我国家安全中的主权安全、政权安全、意识形态安全、经济安全、生态安全、信息安全等多方面都产生了消极影响。在我国《境外非政府组织境内活动管理法》刚刚实施不久的背景下,我国在对境外非政府组织的管理方面要吸取他国经验教训,提高全社会国家安全意识,建立黑名单制度,合理引导境外非政府组织,加强资金监管并提升透明度。