2006年《公司法》被普遍认为是一部进步的法律，其公司自治的理念备受赞扬。公司自治的贯彻，不仅是消极地排除公权力机关的不当干预，而且更应是积极促进各方主体提高自治能力，适应不断变化的环境，对长期关系进行有效管理。长期关系中纠纷的发生是不可避免的，实现纠纷的自主解决是自治能力的重要方面。好的规则体系应当能提供成本低廉且有利于合作关系继续的纠纷自我解决机制。这应当成为具有高度实践性的公司法发展变迁的方向。与此同时，公司主体在自主解决纠纷中所作的制度创新和规范创新，也是公司法不断发展演变的源头活水。　　 本文以关系型契约(relational contract)为理论进路，考查公司纠纷的内部解决机制。交易作为一种分析单位，不仅可用于分析市场主体的行为，还可用于分析公司、协会、家庭和其他组织机构内部的冲突、秩序与相互关系。本文界定的公司纠纷是一种“交易”纠纷，且此种“交易”嵌入在公司组织体的“关系”之中。这使得公司纠纷的解决呈现出关系型契约而非个别性契约(discretecontract)中纠纷解决的特性：第一，从权利救济中获取的直接收益不是纠纷主体考量的最主要因素，始终存在着在纠纷解决可能获得净利益与未来合作带来的收益现值之间的权衡；第二，纠纷主体在选择解纷方式时，不仅考虑特定解纷方式本身的成本和收益，更要考虑不同纠纷解决方式对于关系的影响或者说对关系的伤害程度，在大多数场合，只有在“关系”之中解决“交易”纠纷，才能让“关系”延续，因此各种诉讼以外的、非对抗性或者弱对抗性的纠纷解决方式被普遍运用；第三，关系延续中的各方主体不仅受到法律规范和自身明确承诺的约束，不断重复的交易方式和交易惯例、各自惯常的角色责任以及互惠、契约团结等社会规范，也会不断形塑纠纷主体之间的权利和义务，在纠纷解决过程中这些规范与法律一道成为解纷的实体和程序依据，尽管它们内部与相互之间可能存在冲突；第四，公司是一种区别于市场、依靠权力运作和命令执行的组织体系，这种关系构造本身会提供一套事前安排，或者事后重复博弈中形成的规范的自我执行机制，关系本身成为自我解决纠纷可资利用制度资源。　　 公司纠纷的解决不是简单的法律权利判断的问题，而是一种包裹权利判断的商业判断。谁最适宜作出此一商业判断?从公司法规定的知情权诉讼和股东派生诉讼前应当履行的通知公司或其机构的程序，以及法院在对待证券集团诉讼等群体性公司纠纷时所采取的谨慎态度(或者不受理，或者即使在有监管机构裁决的前提下依然主张调解解决纠纷)来看，公司本身以及公司内部机构是被首先考虑到适宜作出纠纷处理决定的主体。本文考察横、纵两大类型的公司纠纷--即股东权纠纷和信义义务纠纷的诉讼实证情形，论证公司纠纷的诉讼解决在应对长期关系、处理与公司内部组织运作的衔接，以及作出实质性商业判断方面的制度缺陷，从而揭示公司纠纷内部解决的制度优势与制度空间。以分权的公司结构、规范的会议制度和表决制度、光谱化的公司实体规范体系以及规范的自我执行机制为核心的公司内部治理机制，为公司各方主体在维系公司关系前提下，整合利益冲突，推动纠纷解决提供了制度条件。　　 当考察的视角从事后的已发生纠纷的解决转向事前的公司治理解纷机制的完善时，本文认为：一方面，事前确定的、明晰的规则有助于防范与解决纠纷，这依赖于法律与社会规范的集体性规则供给和以量身定制的章程为核心的个别性规则供给，合同机制与关系型治理机制可以互补；另一方面，将公司纠纷内部解决的权力赋予一个具有商业判断能力和公共责任性的(accountable)的机构--董事会，通过完善董事会建设--特别诉讼委员会制度是这一方向上的尝试，来看护公司经营过程中形成的关系价值。可以综合运用合同机制与公司权力配置机制解决公司纠纷，是从关系型契约理论考查公司纠纷内部解决的独特优势。