非经营性基础设施建设对资金的大量需求给我国政府财政带来了巨大的压力，而目前还没有一种行之有效的融资工具能解决这一问题。由于非经营性基础设施所具有的准公共物品性、自然垄断性以及资金的集合性等特点，决定了政府对非经营性基础设施投资的主导性。本文在论述我国非经营性基础设施融资工具变迁的基础上，分析了融资工具存在的问题：工具品种单一，使用效率不高，使用基础薄弱。要解决这些问题应该是在深入了解非经营性基础设施特点的基础上创新其融资工具。基于这一分析基础，本文研究并完善了影子收费融资工具和市政债券融资工具在非经营性基础设施建设项目中的运用。对于如道路建设等服务量可测度的非经营性基础设施，采用了影子收费融资工具。通过介绍影子收费融资工具的含义和定价原理，分析了影子收费融资工具的给付结构及其优缺点，并把道路使用年限和道路使用主体等因素加入到影子收费支付结构中，使原有的影子收费融资工具更加完善。对于服务量难以测定的非经营性基础设施，采用了嵌入适当指标的市政债券融资工具。同时把服务量难以测定的非经营性基础设施划分为两类：服务量完全不能确定的非经营性基础设施和服务量可以用相关指标确定的非经营性基础设施。不同的类别用不同的指标代表这种非经营性基础设施所产生的社会效益，并将发行的市政债券与不同指标所确定的定价区间相挂钩，这样可以改善GDP总量指标在定价区间中所暴露出的缺点，保证了这种基于影子收费定价原理的市政债券定价的准确性。最后，讨论了这两种融资工具在我国的运用，探索了推行影子收费融资工具的途径以及运用市政债券融资工具应具备的宏观环境。