RNA-蛋白质相互作用在许多生命活动中有着至关重要的作用,如基因调控,RNA剪切和蛋白质合成。高精度的RNA-蛋白质复合体结构能够帮助我们深入的理解这些生命过程。但是,实验方法来解析RNA-蛋白质复合体结构十分繁琐,而且需要耗费大量的时间和金钱。因此,通过理论的方法来预测RNA-蛋白质复合体结构就变得尤为重要。目前,基于理论的RNA-蛋白质预测方法还比较少。针对上述问题,我们提出了一套RNA-蛋白质复合体结构的预测方法3dRPC,其中包括RNA-蛋白质对接方法RPDOCK和RNA-蛋白质打分方法DECK-RP。本文的主要内容如下：1, RNA-蛋白质对接方法的研究。本文提出了一个基于快速傅里叶变换的RNA-蛋白质对接方法RPDOCK。我们在对接中充分考虑了RNA-蛋白质相互作用的几个特征：首先,RNA-蛋白质相互作用界面与蛋白质-蛋白质相互作用界面在原子堆积上不同；其次,静电在RNA-蛋白质相互作用中有非常重要的作用；最后,碱基和芳香族侧链之间的堆积效应在RNA-蛋白质相互作用中也十分重要。2, RNA-蛋白质打分方法的研究。基于之前的工作,我们提出了一种距离和二级结构环境依赖的粗粒化统计势DECK-RP来对RNA-蛋白质对接结构进行打分。在DECK-RP中我们通过基于二级结构的残基类型来考虑蛋白质和RNA之间的多体作用和长程作用,并采用了摩尔分数校正参考态。