分子二维结构信息的处理是化学信息学领域研究的重要问题。本论文以工程化学数据库(ECDB)为依托，对分子二维结构信息的存储、检索和图形的绘制功能进行了研究，并开发了分子结构信息查询系统。　　 本论文在数据库管理系统SQL Sever2000的环境下，利用MOL文件存储格式，构建了一个分子二维结构信息数据库；该数据库能够将MOL文件信息存储效率提高80％以上，针对分子结构匹配的VF2算法设计了特殊的存储结构，一定程度上提高了分子结构的检索效率。　　 分子二维结构的绘制是在GDI+平台下开发的。本论文利用图论、几何、计算机等学科知识，同时吸取一些现有软件的绘图方法和规则，编程实现了一个能生成美观的分子结构的程序，使绘制的分子结构的环能容易被识别，分子内的键长一致，原子等符号显示无重叠、不拥挤。　　 针对分子二维子结构检索，本文使用了一子图匹配算法-VF2。经过测试发现，VF2算法的准确性完全能够满足要求，但匹配效率需要提高。为了确定VF2算法效率影响因素，针对提问分子的原子总数、原子出度数、高出度的个数、原子类型、匹配顺序进行了一系列测试，测试结果表明：原子个数越多，匹配时间越长；出度数越高，匹配时间越短；高出度的个数越多，匹配时间越短；杂原子个数及类型越丰富，匹配时间越短；先匹配复杂原子，可以减少匹配时间。