龙头鱼(Harpadon nehereus)是我国重要的经济鱼类之一，目前关于龙头鱼的分子遗传学方面的研究报道很少。本文采用SSR和SRAP两种分子标记对不同地理环境的龙头鱼群体进行遗传多样性研究，旨在为龙头鱼种质资源的保护和合理利用提供重要的理论依据。在SSR实验中，本研究首先采用生物素标记的(CA)12寡核苷酸探针，利用磁珠富集法构建了龙头鱼微卫星部分基因组富集文库，从设计的28对微卫星引物中筛选出21对微卫星引物，其中5个为多态的微卫星标记。用筛选的5对微卫星引物对龙头鱼36个个体进行遗传多态性分析。每个位点等位基因数3-4。观测杂合度和期望杂合度分别为0.3500-0.8421和0.5244-0.6244。PIC值0.4403-0.5538，表明这5个微卫星位点在龙头鱼中均有较高的信息含量。5个微卫星多态位点的Hardy-Weinberg平衡检验结果表明，所有位点均处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.01）状态。在SRAP实验中，对SRAP引物进行了筛选和优化，分析了SRAP-PCR的影响因子，包括Taq酶、Mg2+、引物、dNTP的浓度对PCR反应的影响，得到了8个重复性好、多态性高的引物组合，对舟山(ZS)，象山(XS)，宁海(NH)，乐清(YQ)，温岭(WL)，温州(WZ)，瑞安(RA)，厦门(XM)，珠海(ZH)和海口(HK)10个龙头鱼群体进行研究，最终确立了适合于龙头鱼SRAP反应体系为：Taq酶1.0U，Mg2+浓度1.5mmol/L，dNTP浓度的为0.20mmol/L，引物浓度为0.20μmol/L。利用筛选出的引物对龙头鱼群体遗传多样性进行了分析，统计结果表明，在292个个体中共检测到98个清晰稳定的多态位点，多态性条带主要分布在100-2000bp之间，多态位点数在55到83之间，平均多态位点数为73.8；多态位点比例在53.06%到84.69%之间，平均多态比例为75.20%，这一结果表明龙头鱼群体存在较高的遗传多样性。10个群体的Nei’s基因多样性指数(H)分别为：0.2740，0.2934，0.2126，0.3026，0.2978，0.1657，0.2654，0.2725，0.1540和0.2398，平均Nei’s基因多样性指数(H)为0.2478，其中YQ群体最高，ZS群体最低，这表明在10个群体中YQ群体的遗传多样性是最高的，ZS群体的遗传多样性最低；Shannon信息多样性指数(I)在分别为0.4111，0.4345，0.3529，0.4506，0.4426，0.2525，0.4017，0.4077，0.2396和0.3690，平均Shannon信息多样性指数(I)为0.3735，其中YQ和NH群体最高，ZS群体最低，这同样说明YQ群体的遗传多样性最丰富，ZS群体最低。从整体水平上来看，龙头鱼群体的遗传多样性水平还是相对比较高的。分子方差分析结果表明，群体内个体间的变异是总变异的主要来源（71.74%），28.26%的遗传变异来自群体间（Fst=0.2826）。采用MEGA4.0软件计算了群体间的遗传距离，ZS群体和HK群体的遗传距离最远为0.3841，XS群体和RA群体的遗传距离最近为0.0410。根据群体间的遗传距离进行了NJ法聚类分析，结果显示10个龙头鱼群体明显地分为两支，第一分支包括ZS，WZ，XS，WL，RA，YQ和NH；第二分支包括ZH，XM和HK。这一结果显示龙头鱼群体存在显著的地理差异。SRAP分析结果显示，尽管龙头鱼群体具有相对丰富的遗传多样性，但是在HK和ZS群体中，多态位点数为52和55，多态比例、Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon信息多样性指数与其他群体相比也是最低的，表明这两个群体的遗传多样性与其他群体相比处于较低水平。因而我们应该对HK群体和ZS群体的种质资源进行保护。