由于经济的飞速发展,我国水资源供需矛盾日益紧张,流域水资源供需矛盾与可持续利用问题日益突出,严重地影响了流域地区经济社会的可持续发展。构建流域水资源利用生态补偿机制,通过各种补偿方式有效调节利益分配格局,解决流域水资源利用利益受益地区对流域内利益受损地区的利益补偿,实现环境利益及相关经济利益在生态环境保护者与破坏者、利益受益者与受损者之间的公平分配,有利于化解社会矛盾,促进社会公平,保障社会安定,实现生态文明,是促进社会稳定发展,构建和谐社会的重要举措。目前我国流域水资源产权明晰尚属初始阶段、水资源管理体制不完善、流域生态补偿机制也不健全,并且在流域生态补偿法律方面的缺失,使得流域水资源利用生态补偿(特别是跨区域、跨省际)工作陷入重重困境。构建共建共享的流域水资源利用生态补偿机制,是目前解决流域水资源生态保护、水资源可持续利用问题最有效、最直接的途径。本研究从全流域角度出发,提出以可持续发展为共同目标,保护生态环境为共同任务,流域水资源产生的生态效益应当是全流域的共同利益,通过共建共享的流域水资源利用生态补偿机制,加强全流域的合作与协调,变被动补偿为主动,促进流域水资源生态保护的外部性问题内部化,以达到生态共建、利益共享、经济共赢的目的。本研究在整理国内外有关流域生态补偿已有成果的基础之上,立足于生态补偿原则、生态补偿主体、生态补偿方式、生态补偿标准以及国内外生态补偿实践等进行了系统研究。分析共建共享的流域水资源利用生态补偿机制与地区发展之间的相互关系,并以长江流域为例展开实证研究。总结回顾了长江流域水资源利用生态补偿以及补偿机制现状,得出目前在国家层面还未曾针对长江流域展开生态补偿工作,只是流域部分省份积极开展了生态补偿探索工作。综合研究了国内外生态补偿实践的成功案例,得出可供我国长江流域生态补偿参考的成功经验与启示。针对建立共建共享的长江流域水资源利用生态补偿运行规则,建议在长江水利委员会内设一新机构统一负责长江流域水资源利用生态补偿工作管理,结合流域各地区实际情况采用多元化的生态补偿方式、确定科学的生态补偿标准,确保生态补偿资金有充足的来源,并拟定共建共享的长江流域水资源利用生态补偿制度架构设想。提出了从管理组织、补偿规则以及补偿纠纷解决方面来构建共建共享的长江流域水资源利用生态补偿机制。最后在从理论研究、文化制度优化、区域发展评价以及生态安全观等方面做好运行机制配套措施,强化共建共享的长江流域水资源利用生态补偿机制建设,达到流域水资源生态系统与流域社会经济系统协调发展的目的。