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为了实现从“中国制造”到“中国创造”的转变,2015年国务院发布《中国制造2025》,提出了实施制造强国战略的第一个十年行动纲领,助推制造业提质增效取得显著成果。研发创新质量的提高仍然面临诸多限制,其中来自市场方面的市场分割问题一直为社会各界所诟病。市场分割到底对绿色创新全要素生产率增长及分解产生了怎样的动态冲击影响尚无明确的答案。这些问题的解答对中国绿色创新全要素生产率的提高具有重要的政策参考价值。鉴于此,本文利用2006—2017年中国30个省的面板数据,采用“相对价格法”,分别测算了三类市场分割指数,再运用Super-SBM模型和Malmquist指数方法,测算了考虑“环境污染”下中国各省份的绿色创新全要素生产率的变动及其分解情况。基于PVAR模型,测算了市场分割波动对绿色创新全要素生产率的增长及分解的冲击效应。为了缓解固定效应模型中的内生性问题,在动态面板GMM模型中加入控制变量来研究市场分割对绿色创新全要素生产率的增长及分解的动态影响。最后,在上述研究的基础上,进一步提出调节市场分割提高中国绿色创新全要素生产率的差异化路径和制度安排。主要得到以下结论:(1)从市场分割的角度来看,商品市场分割、资本市场分割和劳动力市场分割的全国平均值和标准差随着时间的推移均呈减小的趋势,市场趋于统一和平稳。绿色创新全要素生产率的全时期增长率的均值为5.45%;绿色创新技术创新的全时期增长率的均值为1.44%;研发创新技术进步的全时期增长率的均值为3.95%。结合市场分割和绿色创新全要素生产率增长的变化趋势可以看出,市场分割对绿色创新全要素生产率增长及分解均有负向的影响,且这种影响可能存在时滞性和延续性。(2)PVAR的结果显示:不同市场分割的冲击对绿色创新全要素生产率增长及分解的影响效应在短期、中期和长期来看均不尽相同。从整体来看,绿色创新全要素生产率增长及分解对自身的冲击响应均为正,体现出创新水平的累积作用;绿色创新全要素生产率增长对于来自商品、资本和劳动力的市场分割的冲击在前十期的累计效应分别为1.20%、-1.64%和0.43%;绿色创新技术进步增长对于来自商品、资本和劳动力的市场分割的冲击在前十期的累计效应分别为-1.67%、0.89%和0.43%;绿色创新效率增长对于来自商品、资本和劳动力的市场分割的冲击在前十期的累计效应分别为2.88%、-2.00%和-0.39%。(3)动态面板GMM的结果显示:各类市场分割对绿色创新全要素生产率增长的影响均为显著的抑制作用:商品市场和资本市场的分割抑制了绿色创新技术进步增长,而劳动力市场分割促进了绿色创新技术进步增长;各类市场分割均在一定程度上抑制了绿色创新效率增长。