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中华绒螯蟹种质资源的研究一直受到水产界人士的密切关注，从最初形态学的研究开始，经历了同功酶分析、RAPD技术分析等，这些研究从宏观到微观等不同的方面揭示了不同地理水系中华绒螯蟹之间的差异。 线粒体DNA以其结构简单、进化速度快、无组织特异性等特点已被较多的运用到动物种群遗传结构分析及品种鉴定的研究。本课题选取长江、辽河、瓯江三水系的中华绒螯蟹作为研究对象，从肝胰腺中提取了纯净的线粒体，以其为模板扩增了线粒体12SrRNA和16SrRNA两个基因，并对其进行了序列测定，比较了三水系中华绒螯蟹的异同，检测到个体间、不同水系间均存在单核苷酸多态性(SNP)。12SrRNA基因共测定458bp的碱基序列，A、T、G、C含量分别是159bp(34.7％)，177bp(38.6％)，52bp(11.4％)和70bp(15.3％)，在我们测序的15个个体(每水系5个个体)中，共检测到4个多态性核苷酸位点，转换(transition)突变的核苷酸位点数有2处，发生在3号瓯江蟹和5号辽河蟹的21bp处(A→G)，颠换(transvertion)突变的核苷酸位点数有2处，发生在2号辽河蟹和5号瓯江蟹438bp处(→C)。从测序结果可以看出，辽河蟹和瓯江蟹均有两处核苷酸变异位点，而长江蟹的5个个体核苷酸没有任何变异，辽河种群、瓯江种群的变异率均为0.44％，而长江种群的变异率为零。从这一点上也说明了长江蟹的种质资源受到较好的保护。16SrRNA基因共测定527bp的碱基序列，A、T、G、C含量分别为181bp(34.3％)，197bp(37.4％)，93bp(17.6％)和56bp(10.6％)。在我们测序的3个个体(每水系各1个个体)中，发现16SrRNA基因序列有三处碱基差异：辽河蟹在21bp处有碱基转换(T→C)，瓯江蟹在520bp处有碱基颠换(C→A)，长江蟹在526bp处有碱基颠换(G→C)，三水系的变异率均为0.20％。从变异率上看出，三水系间的遗传差异很小，它们之间的差异上升不到亚种的水平，尚属于地理种群之间的差异。 本课题从分子水平分析了不同地理种群之间的遗传差异，虽然种群间没有特异性的碱基突变位点，但存在丰富的SNP，为进一步的工作如中华绒螯蟹遗传变异研究、种与亚种的鉴定及其种质资源的保护等提供了研究资料。