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本论文主要对果蝇亚属9个种组17个种25个单雌系的nd5和esc基因部分序列测序分析:nd5基因序列中A,C,G,T碱基的平均含量分别为32.5%,9.3%,15.3%,42.6%,其中A+T含量(75.1%)较丰富,明显大于C+G含量(25.6%),表现出明显的A+T碱基偏嗜。经比较,在412个位点中共有300个保守位点,占72.8%;104个变异位点,占25.2%;单一位点31个,简约信息位点90个。esc基因序列中A,C,G,T碱基的平均含量分别为25.6%,25.3%,25.4%,24.5%,其中A+T含量(50.1%)与C+G含量(50.7%)大致相等。经比较,在397个位点中共有242个保守位点,占60.5%;160个变异位点,占40%;单一位点58个,简约信息位点101个。
以D.melangaster为外群,分别用最大简约(MP)法、领接(NJ)法、最大似然(ML)法和贝叶斯分析方法根据每个分子标记的序列构建果蝇亚属系统发生树,探讨果蝇亚属9个种组的系统演化以及种间进化关系。结果显示:在nd5基因所有树都支持bizonata种组为单独分支,robusta种组和quinaria种组关系最亲密,但是在esc基因构树中robust种组和virilis种组关系更亲密,且支持在果蝇亚属中,主要分化为两个中心virilis-repleta辐射和immigrans-tripunctata辐射与古生物学和区系地理学的证据稳合。