单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）SNP作为第三代遗传标记，具有数量多、密度大、分布广等特点，可用于疾病基因的定位与克隆、关联分析等，并在疾病的早期诊断、预防和治疗等方面体现重要功能和应用价值。目前SNP的分型检测技术种类繁多，各有利弊，探索和建立准确、快速、高通量的SNP检测方法十分必要。 DNA微阵列由于其平行性、高通量检测等特点，在SNP分型上有很大的优势。然而传统DNA微阵列检测SNP的方法有着杂交效率低、错配识别能力差而导致分型错误率高的缺点，限制了其在大规模SNP分型检测中的应用。如果能够通过设计和改进DNA微阵列的探针结构来提高其杂交效率和特异性，那么DNA芯片技术将在SNP的检测上有更大的应用前景。 本论文从DNA微阵列探针结构方面研究和优化其杂交效率以及错配识别能力，发展了一种引入内错配碱基的公共茎干区发卡结构探针，并将其应用于检测一个冠心病SNP位点。主要内容如下： 1．不同结构的固定化DNA探针的杂交性能比较 比较直链探针（Linear Probe，LP）、普通发卡结构探针（Hairpin structure Probe，HP）和公共茎干区的发卡结构探针（Share-stem hairpin structure Probe，SHP）三种不同结构的探针用于固定化DNA芯片检测时的杂交效率以及单碱基错配识别能力。结果表明，公共茎干区的发卡结构探针（SHP）的杂交能力最强，其杂交结果荧光信号强度最高。其次是直链探针（LP），而发卡结构探针（HP）的杂交能力最差。而它们的错配识别能力，即杂交特异性正好相反。 2．SHP探针结构与杂交性能关系的进一步研究 这部分实验中进一步研究了SHP探针的茎干区长度对其杂交特性的影响，并在此基础上改进和发展出不同结构的SHP探针，同时研究其杂交特性。实验结果证明，引入内错配碱基结构的SHP探针在与靶标杂交时能够获得良好的杂交效率，并且可以通过对正配与错配探针对不同的设计获得较高杂交特异性。 3．将引入内错配碱基的SHP探针对用于一个冠心病相关SNP位点的检测 利用生物信息学筛选出一个冠心病相关基因的功能性SNP，设计引物，从人外周血中提取基因组DNA，扩增包含该SNP位点的DNA片段，同时设计相应的检测SHP探针，对其进行检测，并通过直接测序的方法验证其检测结果。