从法医DNA鉴定技术第一次应用于司法实践至今,短短30余年的时间里,法医DNA证据就以其高度的个体识别能力和亲缘关系鉴定能力,在锁定犯罪嫌疑人、串并案件、排除无辜、冤案平反等刑事诉讼活动中发挥着无可比拟的作用,被世界上越来越多的国家所使用,并被冠以“新一代证据之王”的美誉。然而,随着法医DNA证据在司法实践中运用的逐渐增多,由其而引发的冤假错案也时有发生,这让我们逐渐认识到法医DNA证据并不是无懈可击的,更不是万能的。除了现有法医DNA鉴定技术的局限性不能满足人体DNA自身的多样性外,法医DNA证据的形成过程会受到许多不可控因素的影响,还要经历以人为主导的检材提取、保存、送检、检验及数据分析等一系列极其复杂的过程后,才能以鉴定意见的形式呈现于法庭之上接受控辩双方的质证和法庭的认证,其中任何一个环节有微小的瑕疵出现,都会使法医DNA证据的客观性及真实性受到影响。有些司法人员对法医DNA证据“惟命是从”,对法医DNA证据与案件事实的关联性没有做到合理有效的审查,认为法医DNA证据对案件的定性具有决定性的作用也是诱发错案的主要原因;还有些司法人员受到有罪推定思维的束缚,当法医DNA证据与其他有罪证据的指向不一时,对可以证实某些案件事实的法医DNA证据“视而不见”,人为忽视或有意隐藏法医DNA证据的存在,最终造成了案件的错误审判。本文从法医DNA鉴定技术的原理入手,结合国内外法医DNA证据在刑事诉讼领域运用过程中积累的经验和教训,对法医DNA证据在刑事诉讼运用中存在的问题进行综合的分析与讨论,并提出符合我国实际的完善建议,以求在法医DNA证据运用机制的道路上做些有益的探索。