一种生物体的基因组规定了所有构成该生物体的蛋白质，基因规定了蛋白质的氨基酸序列。虽然蛋白质由氨基酸的线性序列组成，但是它们只有折叠成特定的空间构象才能具有相应的活性和生物学功能。了解蛋白质的空间结构不仅有利于认识蛋白质的功能，也有利于认识蛋白质是如何执行其功能的。确定蛋白质的结构对于生物学研究是非常重要的。　　 本文简要介绍了蛋白质的层次结构，以及目前主要的结构预测方法。详细描述了基于混合信息的序列比对算法hybrid，并对此算法进行了改进：将1d-profile和3d-profile在算法中所占的权重进行了调整，使得结果能够更加准确；对算法的打分矩阵进行了添加修改。通过灵敏度和准确度的测试，我们发现改进后的算法在灵敏度和准确度方面都有所提高。　　 对蛋白质结构域序列进行核心结构的提取，分别采用算术平均和加权平均的方法。算术平均法适用于蛋白质结构域序列相似度较高的情况，在蛋白质结构域序列相似度较低时，采用加权平均法得到的核心结构更为合理，准确。　　 完成了原型系统。此原型系统通过手动输入查询序列，由计算机在后台运行程序计算蛋白质序列的预测结构。