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蛋白质鉴定技术的发展与基因组测序计划的实施与相继完成，使得“蛋白质组学”这一全新的研究领域得以诞生和发展。蛋白质组学是在基因组学的基础上研究蛋白质的表达与功能的科学，是建立在从cDNA阵列mRNA表达谱的基因功能分析，基因组范围的酵母双杂交，蛋白质与蛋白质相互作用分析到蛋白质表达、测序和结构分析等诸多不同实验方法相互融合基础上的科学。它旨在阐明生物体内全部蛋白质的表达模式及功能模式，其内容包括鉴定蛋白质的表达，存在方式(修饰方式)，结构，功能及相互作用等。蛋白质组是指一个基因组所编码的所有蛋白质的总合。 蛋白质组学现在是一个发展非常迅速的学科。新的研究方法，技术不断出现，大大推动了蛋白质组学这门新兴学科的发展。本文也主要是在几种方法学上进行探索，并取得了有意义的研究结果，初步建立了几种有关蛋白质组学的技术平台。 1．MALDI-TOF-PSD序列测定方法的建立 由于具有高灵敏度，高通量等优点，PMF方法成为一种很好的鉴定2D-gel蛋白质点的方法，但也会经常碰到候选蛋白有多个和有时排在第一的冠军蛋白不是目标蛋白等问题。为了提高我们对那些PMF方法不能确定的蛋白质点的鉴定，我们通过PSD测定肽片段的序列来增加鉴定的准确性。并且探索用几种化学试剂对肽片段进行修饰，协助肽片段断裂，从而大大有利于图谱的解析。为蛋白质测序提供了一种好的快速的方法，也提高了蛋白点的鉴定准确性。 2．表面等离子共振技术在蛋白质组学研究中的应用 生物分子相互作用分析质谱方法(BIA／MS)整合了表面等离子共振技术(SPR)与基质辅助激光解吸时间飞行质谱技术，能对蛋白质相互作用实时分析并直接鉴定。这种方法在蛋白质组学研究中是一种非常有应用前景的鉴定蛋白质分子相互作用的方法。本文利用这种方法对微球蛋白和其抗体这对相互作用蛋白质进行分析和鉴定。另外本文Abstraet也利用表面等离子共振技术在测定毒素活性方面进行了一些探索，取得了一些结果。3.工CAT试剂定量方法的建立 为了解决蛋白质组学中的定量的难题，同位素亲和标记技术(ISOtope一COde affinity tag，ICAT)被应用在蛋白质组研究中。首先，使用氢和氖标记的ICAT试剂对标准肤和标准蛋白质进行方法学的研究。用ICAT标记的蛋白质酶解后，使用二维色谱和质谱连用技术对其分析和鉴定。结果表明，这种非凝胶的定量方法大大提高了蛋白质定量速度和精确度。