内生真菌是指整个生活史或一段时期内定殖于植物组织内部，不表现出明显病害症状的真菌，具有丰富的多样性和重要的生态功能。盐生植物是指能够在200mM附近NaCl或更高浓度盐碱环境中生存繁殖的植物，广泛分布于海岸带和荒漠生态系统中，主要包括红树林植物和荒漠盐生植物。然而，目前对盐生植物内生真菌的多样性知之甚少。因此，本论文以中国南方4种红树林植物及西北荒漠地区10种盐生植物为研究材料，通过内生真菌的分离培养，并采用形态与分子相结合的方法进行菌株鉴定，开展内生真菌的定殖率、多样性、群落组成研究。取得以下结果。　　广西北仑河口的蜡烛果(Aegiceras corniculatum)、海榄雌(Avicennia marina)、木榄(Bruguiera gymnorrhiza)、秋茄(Kandelia candel)红树林植物的枝条和叶片内生真菌研究结果表明，4种红树林植物具有相似的内生真菌总定殖率(24±10％-33％±14％);蜡烛果、海榄雌、木榄的枝条内生真菌定殖率(30±8.82％-40±10％)显著高于叶片(6±3.5％-25±11.12％)，而秋茄的枝条与叶片之间内生真菌定殖率无显著差异(20±10％-30±8.82％)。结合形态特征和ITS分子数据，将所得到的301株内生真菌鉴定为36种，包括35种子囊菌和1种担子菌，其中优势真菌类群为Phomopsi、Phyllosticta、ylaria、Leptosphaerulina和Pestalotiopsi。枝条的内生真菌物种多样性高于叶片，不同植物物种以及同种植物枝条和叶片间内生真菌群落组成有差异，并且部分内生真菌种类表现出了宿主和组织偏好性。　　从新疆古尔班通古特沙漠10种盐生植物的细根和茎中分离培养到1046株内生真菌，不同盐生植物的内生真菌总定殖率有显著差异(38.75±2.46％-85.63±2.28％)，其中钠猪毛菜(Salsola nitraria)的内生真菌总定殖率显著高于除刺毛碱蓬(Suaeda acuminate)和沙漠绢蒿(Seriphidium santolinum)外的其他植物，刺毛碱蓬的内生真菌总定殖率显著高于小画眉草(Eragrostis minor)。六种植物根系的内生真菌定殖率(97.5±1.77％-62.5±8.94％)显著高于茎(7.5±3.33％-33.75±3.55％)，而其它4种植物之间无显著差异。结合形态与ITS序列将内生真菌鉴定为36种，其中Alternaria burnsii、Monosporascus ibericus和Trematosphaeria sp.是优势种类。所有植物根(1.2±0.29-4±0.3)比茎(0.5±0.22-2.2±0.2)拥有更多的内生真菌种类，其中在7种植物上达到显著水平。内生真菌的群落组成受植物种类(R2=0.082，P=0.001)和组织类型(R2=0.212，P=0.001)的影响。植物-内生真菌偏好性分析显示，5种植物有显著的内生真菌偏好性，13种内生真菌有显著的植物偏好性，有29对植物-内生真菌表现出显著的配对关系。