杜仲(Eucommia ulmoides Oliv.)是我国名贵的药用植物，本论文包含两部分主要内容：（1）杜仲ISSR-PCR反应体系的建立与引物筛选及其在遗传多样性研究中的应用；（2）基于ISSR分子标记的杜仲雌雄性别鉴定。通过正交试验建立了适合杜仲的ISSR-PCR反应体系，即总体积为20.0μL：DNA(5-10ng·μL-1)2.0μL，dNTP (10mmol·L-1)0.25μL，引物(10μmol·L-1)0.7μL，Mg2+(25mmol·L-1)2.4μL， Taq DNA聚合酶(5U·μL-1)0.2μL，10×PCR缓冲液2.8μL，HPLC水11.65μL；同时筛选出了14条多态性较高的有效引物；初步分析了杜仲的遗传多样性，共扩增出108个多态性位点，有效等位基因数ne为1.505，Nei’s期望杂合度He为0.308，Shannon多态性信息指数I为0.472。研究结果初步揭示了杜仲具有较高的遗传多样性，表明ISSR标记技术适用于杜仲的遗传多样性研究，为杜仲多居群的遗传多样性研究奠定了理论和技术基础。以杜仲雌雄植株为材料，根据已建立的反应体系和扩增程序，对杜仲雌雄植株进行了性别鉴定。结果表明，利用引物UBC858扩增出一条大小为3000bp的雌性特异性条带，且这条特异带在雄性植株中没有出现，说明ISSR分子标记可用于杜仲雌雄性别的的早期鉴定。研究结果为杜仲种质资源在幼苗时期的合理配置，现有杜仲种质资源的保护、交流、永续利用，以及在此基础上的分子育种提供可靠的、准确的理论依据和实践指导。