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流感病毒核蛋白NP是一个具有多重功能的蛋白，它在流感病毒的复制与转录过程中具有重要作用。在病毒的整个复制周期中，NP蛋白不但与流感病毒本身的生物大分子相互作用，包括两个聚合酶亚基PB1和PB2，M1，NP蛋白本身以及病毒RNA，而且能够与宿主细胞内的许多蛋白能够发生相互作用。因此寻找与流感病毒NP蛋白相互作用的宿主蛋白能为更好地理解流感病毒的宿主限制性因子、宿主适应性和跨种间传播的机理提供重要的理论依据。
本文通过GST pull-down试验验证了Cyclophilin E(CypE)能够在体外与流感病毒NP蛋白发生相互作用。免疫共沉淀试验(Co-IP)试验结果验证了CypE只能够与NP蛋白发生相互作用，而与流感病毒的三个聚合酶亚基--PB1，PB2和PA不能相互结合。通过一系列CypE的截短体与NP蛋白之间的GST pull-down试验，确定CypE蛋白的aa137-186区域是CypE与NP相互作用的关键区域。免疫荧光试验结果表明CypE与NP蛋白在流感病毒感染早期存在共定位。过表达CypE能够显著地抑制流感病毒的复制，而且这种抑制作用与CypE本身的肽脯氨酰顺反异构酶活性无关。当缺失CypE aa137-186这一区域后，突变体不能抑制流感病毒的复制，这说明CypE抑制流感病毒的复制依赖于其与NP蛋白的相互作用。利用小分子RNA干扰内源CypE表达后，流感病毒的复制明显增强。在免疫荧光的试验中，发现过表达CypE后能够阻碍vRNP复合物的出核，而且过表达CypE的细胞对流感病毒的易感性明显低于正常细胞。通过以上试验结果表明CypE是流感病毒复制的宿主限制性因子。当敲除内源CypE后，流感病毒的vRNA，cRNA和mRNA三种RNA水平都明显上升，而当过表达CypE后，流感病毒的聚合酶活性明显下降，说明CypE对流感病毒的复制和转录都有明显的抑制作用。CypE抑制流感病毒复制的机理是通过与NP蛋白相互作用，抑制NP蛋白的自聚化以及破坏NP与PB1和PB2之间的相互作用，从而破坏病毒RNP复合物的形成来抑制流感病毒的复制。