中国作为一个人口众多的国家，农民占有很大比例。随着我国经济的飞速发展，健康已经成为人们最关注的问题。我国政府历年来也将农村医疗问题作为政府开展工作的重中之重，如果连农民的健康问题都不能解决，建设社会主义和谐社会只是空谈。新农合制度从2003年在部分县市开展试点，到2010年基本实现覆盖全国。开展新农合医疗以来，我国过去存在的农民因病返贫的问题得以解决。本文通过对新农合现行状况进行分析，确定了新农合内控的目标、要素，并且建立了新农合内部控制的框架结构。研究新农合内部控制的基础是构建新农合内部控制理论框架，而构建其理论框架主要在于明确新农合内部控制的目标以及控制要素。新型农村合作医疗内部控制目标包括为长期目标、信息目标、运营目标、合规目标。其中，新农合内部控制运营目标是长期目标的具体化，作为长期目标的落脚点，信息目标是运营目标的成果反映，合规目标是为了实现新农合内控目标的良好保证。新农合内部控制的四个目标相互联系，共同促进新型农村合作医疗的长远发展。通过对COSO发布的《内部控制—整合框架》的借鉴，将新农合内部控制构成要素分为两个方面:主要层次由新农合控制环境、新农合控制活动、新农合监控三项内容构成，在这三个要素中,新农合控制环境是基础、新农合控制活动是过程、新农合监控是保证。再将这三个要素进一步分解，形成了第二层次要素：新农合控制环境要素可以分解为新农合组织结构、信息与沟通两个要素；新农合控制活动则可以分解为控制程序、风险评估两个要素；新农合监控则分为监督和评价两个要素。新农合控制环境包括一切影响新农合内控建立和执行的所有要素，是新农合内部控制体系的基本点；新农合控制活动是为了实现新农合内控目标而实行的具体措施，从现在新农合运行的情况来看，对新农合风险识别与防范以及具体的控制程序作为控制活动的重点；监控具体包括对新农合内部控制的监督和评价，针对监督要素提出了相应的建议，并且建立了新农合内部控制评价指标体系。利用层次分析法确定了新农合内控评价各个要素的权重，并且使用模糊评价结合新农合内部控制实行的具体情况，进行了综合评价研究。本文共分为五章内容：第一章“绪论”介绍了本文的研究背景和意义，相关理论基础和文献综述，以及本文的研究方法和文章的框架。第二章“新型农村合作医疗运管现状分析”介绍了新农合的基本情况以及运行管理现状，为下文提出新农合内部控制的设想提供支撑。第三章“新型农村合作医疗内部控制框架构建”通过内部控制应用于卫生管理事业的相关文献表明有一定的可行性，同时对新农合内部控制的目标进行了分析，确定了新型农村合作医疗内部控制的目标；进而对新农合内部控制理论要素关系进行说明，并且构建了新型农村合作医疗内部控制框架体系图。第四章“新型农村合作医疗内部控制要素分析”对新农合内部控制的各个要素进行分析，针对新农合目前在各个要素存在的问题提出了建议，建立了新型农村合作医疗内部控制的评价指标体系，采用模糊综合评价法对具体的实例进行评价。第五章结论。主要说明了本文的研究结论、不足以及展望。根据新型农村合作医疗制度长久发展的需求以及现行新农合管理中内部控制在新农合管理工作中的体现，将内部控制理论应用到新农合管理中有着一定的现实意义。同时针对现有新型农村合作医疗内部控制制度提出的建议，为完善我国农村医疗卫生保障制度，促进我国社会主义新农村建设和构建和谐社会具有重要的现实意义。