构建检察机关参与行政公益诉讼制度是我国完善行政诉讼所必须关注的重要内容,它对完善我国现行监督体系、推动行政诉讼理论的发展和填补公益诉讼的空白,解决社会矛盾,保护国家利益和社会公益具有重要意义。当前我国行政公益诉讼现状不容乐观,诉讼热情不高,角色定位不明,诉讼权利不祥和具体程序缺失等问题严重影响了我国检察机关参与行政公益诉讼的积极性。再加上近年来行政公益侵权案件的不断增多,公众也迫切呼唤构建一套完备的行政公益诉讼制度。传统诉权理论、诉讼信托理论和诉之利益理论的不断发展成熟为构建检察机关参与行政公益诉讼制度提供了理论支撑,同时,国内行政公益诉讼在理论和实践中的不断探索,域外相对发展成熟的行政公益诉讼制度的启示以及我国检察机关的法律性质和自身优势也为我国检察机关参与行政公益诉讼提供了现实可行性。一套完整的程序设计是构建检察机关参与行政公益诉讼制度的前提和重点。当前,对于程序设计的重点主要集中在以下几个方面：第一,角色定位方面。学界关于检察机关在行政公益诉讼中的角色定位主要有原告资格说、公益代表人说、公诉人说、法律监督人说、诉讼代理人说以及双重身份说,以上六种学说既有其合理之处也有其不足之处。本文将检察机关在行政公益诉讼中角色定位于法律监督者和公益保护人。因检察机关在行政公益诉讼中不享有普通诉讼中原告所应享有的诸多权利,所以检察机关不应等同于行政公益诉讼中的原告,又鉴于检察机关的法律性质,即我国的法定法律监督机关,检察机关参与行政公益诉讼应看做是其行使监督权的方式之一,此时,检察机关的角色应是法律监督者身份；另外,因我国检察机关在性质和隶属上都与西方检察机关有本质区别,故我们将检察机关在行政公益诉讼中的角色定位在公益保护人以区别与西方的公益代表人,从而也避免了因“公益代表人”概念表述过于绝对而带来的概念局限。第二,方式选择方面。综合《刑事诉讼法》和《民事诉讼法》的相关规定,关于检察机关参与诉讼的方式主要有提起诉讼、支持起诉和督促起诉三中类型,本文将这三中方式也借鉴到行政公益诉讼中且能够较好的满足诉讼需要。第三,受案范围方面。关于行政公益诉讼的受案范围问题,学界讨论较多,大多集中在抽象行政行为、具体和行政事实行为三个方面,本文认为对行政公益诉讼的案件范围应做明确限制,不能模糊不清,界限不明,现阶段,我们不宜将全部抽象行政行为纳入到行政诉讼中,应采取渐进的方式逐步将规章以下的抽象行政行为试行纳入,而对具体行政行为,笔者建议采取列举式立法方式,规定将“国有资产流失案件、环境污染案件、扰乱社会市场经济秩序案件和危害社会公共利益的行政案件”等几类典型案件纳入行政公益诉讼。第四,诉前程序方面,检察机关应根据案件来源的不同选择不同的诉前程序。本文认为检察机关参与行政公益诉讼的诉前程序应分为两类：第一类,当检察机关发现违法行政行为损害公益而直接提起诉讼时,此时检察机关应先向作出违法行政行为的行政机关发送一份书面意见书,督促其在合理期限内纠正违法行政行为,若该行政机关拒不纠正或者认为其作出的行政行为并未违反法律,此时检察机关才可向法院提起行政公益诉讼。第二类,当检察机关非自己发现而是基于公民个人或社会组织的检举、举报等需要提起行政公益诉讼的,检察机关应告知公民个人或社会组织先向做出违法行政行为的行政机关申请行政复议,若该行政机关限期内未作出合理解释或行政相对人对行政机关的复议决定不服,此时才可以申请检察机关提起行政公益诉讼。第五,举证责任方面,学界对于举证责任承担有两种观点,一种观点认为应与现行行政诉讼法的举证规则保持一致,即由检察机关承担初步证明责任,被诉具体行政机关承担证明其行政行为合法的举证责任；另一种观点认为检察机关在行政公益诉讼中不再是普通行政诉讼的弱势,其所拥有的公权力足以抗衡行政权,故应按照传统诉讼的举证规则,即谁主张,谁举证,由检察机关承担主要证明责任。本文赞同前者观点。第六,诉讼权利方面,应赋予检察机关抗诉权和撤诉权,不应赋予其反诉权、和解权和调解权；第七,诉讼后果,行政公益诉讼中,检察机关若败诉,则不应让其承担监察失实的不利法律后果,若胜诉,则法院应在判决中确认被诉行政行为违法,相关赔偿问题则需权利受到侵害的实体权利人另行提起民事诉讼。